根據上述職責，滄州市交通運輸局設8個內設機構：
（壹）辦公室
組織協調局機關工作，負責機關文電、機要、檔案等日常工作；負責政府信息公開、政務督辦、保密、信訪工作；起草重要文稿、領導講話和綜合性文件；負責重要會議的組織和機關後勤管理工作；組織綜合性調研和交通系統目標考核工作，管理交通運輸系統新聞、宣傳工作；承辦人大代表建議、政協委員提案工作；指導有關應急體系建設。
（二）人事科
負責機關和直屬單位機構編制、人事管理工作；負責直屬單位領導班子的組織建設及其成員的管理工作；負責行業職業資格制度的有關工作；負責行業特有技術工種的職業技能鑒定與管理工作；指導行業的人才隊伍建設。
（三）財務審計科
擬訂全市交通運輸行業投融資政策措施；制定全市交通運輸系統財務管理制度並監督實施；擬訂和調整公路收費項目、標準及收費管理的有關規定和辦法並組織實施；負責交通運輸資金管理、財務監督檢查、預算、決算、政府采購等有關事宜；負責行業國有資產的監督管理和內部審計工作。
（四）綜合規劃科
編制全市交通運輸事業發展規劃和年度計劃；下達專項規劃及分年度資金使用計劃；參與擬訂全市物流業規劃和相關政策措施；負責交通基礎設施新改建項目的前期工作和後期評價；負責交通運輸統計、預測和信息工作。
（五）科技教育科
管理和指導交通運輸行業科技、教育工作；擬訂行業科技政策措施、中長期科技發展規劃和年度科技項目計劃；組織實施交通重大科技項目、政府間科技合作項目和國內外科技交流；組織科技成果鑒定和推廣應用，培育交通運輸行業科技市場，管理科技情報工作；負責機關信息化建設，指導交通運輸行業辦公自動化建設；監督執行標準、質量和技術規範；負責交通運輸系統在職人員的教育培訓工作。
（六）工程管理科
負責全市公路建設市場的監督管理工作；擬訂交通運輸基本建設市場管理辦法並監督實施；負責交通運輸建設從業單位及人員的資質管理；監督指導交通基本建設項目招投標活動；負責交通運輸重點工程建設項目的設計審報、施工許可，組織竣工驗收；指導交通運輸基礎設施建設工程質量和工程造價管理工作。
（七）政策法規科（精神文明辦公室）
負責交通運輸法制建設、行政執法監督、行政復議和行政應訴工作；負責有關規範性文件的合法性審核；組織開展行業政策的研究；指導利用外資和民間資本工作；負責行業精神文明建設，指導行業思想政治建設；指導行業體制改革和節能減排工作。
（八）協調與安全管理科
負責運輸市場的行業管理和組織協調重點運輸、緊急客貨運輸；指導城鄉客運，承擔規定的物流市場監督管理工作；指導交通運輸行業的安全生產管理工作，依法組織或參與有關事故調查處理；負責交通運輸行業社會治安綜合治理工作。
直屬單位黨委。負責機關、直屬單位的黨群工作。
離退休幹部科。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。
紀檢（監察）機構按有關規定設置，人員編制另行核定。