1.首次辦理須本人至戶籍所在地的出入境管理處提交申請，申請材料有：居民身份證和戶口簿的原件及復印件（用A4紙復印，可復印在同壹張紙上）以及填寫《中國公民出入境證件申請表》，2寸淡底色彩照2張（也可現場拍照，費用自付），同時分別申請赴香港、澳門的簽註。只去香港則申請香港簽註，只去澳門則申請澳門簽註，如果香港、澳門都去，則兩地簽註都要申請。
2.自受理之日起10個工作日（首次或非首次申請）。但均不含郵遞日（壹般在五天左右）以及節假日。
3.《往來港澳通行證》每本100元；壹次往來簽註，每個20元，二次往來簽註，每個40元，並外加簽註加註費20元。
電子往來港澳通行證的使用方法：
1.到關口排隊過關，如果是團隊簽，需要隨團出行，也可以抵達深圳口岸購買送關服務過關，所有口岸都通行。
根據《中華人民***和國出境入境管理法》的規定，經國務院批準，公安機關出入境管理部門對首次申請電子往來港澳通行證的申請人將采集或核驗指紋。留存指紋後，符合條件的持證人在通關時可以使用內地和港澳地區口岸的自助查驗通道。
為確保持證人指紋信息安全，內地和港澳地區主管部門均建立了嚴密的管理制度，並采用多種技術保護措施，芯片中存儲的持證人指紋模板信息無法被還原為原始指紋圖像。