伯都訥地方始設副都統時，轄境較寬，大致為今松原市寧江區江北地區、扶余縣、榆樹市三縣市區。
清光緒三十壹年（1906年）以後新城府時期，以匯塘溝、珠爾山為界，其東屬榆樹地，其西屬新城府，轄境與1983年9月以前扶余市轄區同。
1983年9月，改32個人民公社為鄉，人民公社改稱鄉人民政府，鄉下轄村、社；保留扶余、長春嶺、陶賴昭、五家站鎮，國營農場不變。
1987年，扶余縣***有9鎮、26鄉和兩個國營農場。各鄉鎮計轄22個街道、474個村。
1995年扶余區轄10個街道辦事處，25個鄉，10個鎮，兩個國營農場。483個行政村。
1995年12月，扶余縣轄四馬架鄉、永平鄉、社裏鄉、新站鄉、更新鄉、徐家店鄉、伊家店鄉、石橋鄉、三義鄉、肖家鄉、榆樹溝鄉、新城局鄉、大三家子鄉、二龍山鄉、拉林鄉、萬發鄉、大林子鄉、七家子鄉等18個鄉，長春嶺鎮、五家站鎮、陶賴昭鎮、蔡家溝鎮、三岔河鎮、弓棚子鎮、三井子鎮、增盛鎮等8個建制鎮。另有國營伊家店農場和兩個灌區。
2005年鄉鎮合並。2006年社裏鄉劃歸松原市，扶余市轄三駿鄉、永平鄉、新站鄉、更新鄉、伊家店鄉、肖家鄉等6個鄉，長春嶺鎮、五家站鎮、陶賴昭鎮、蔡家溝鎮、三岔河鎮、弓棚子鎮、三井子鎮、增盛鎮、大林子鎮、新萬發鎮、新源鎮等11個建制鎮。另有國營伊家店農場和兩個灌區。 扶余市坐落在嫩江、松花江的沖擊平原上，東經125°0′—126°10′、北緯44°44′—44°30′之間，處在吉林省西北部、松原市東部，位於吉林省長春市、黑龍江省哈爾濱市的中間。東與榆樹市接壤，南接德惠市，北以松花江、拉林河為界與黑龍江省雙城市、肇源縣為鄰，西與松原市寧江區毗鄰且和前郭爾羅斯蒙古族自治縣、農安縣隔松花江相望。幅員面積4658平方公裏。
扶余屬東部溫帶季風氣候區，大陸性明顯。四季分明，春季幹旱多風；夏季濕熱多雨；秋季溫和涼爽；冬季漫長寒冷，降雪稀少，江河結冰，大地封凍時間長。按照10℃—22℃區間標準劃分季節，扶余春季為5月1 日至6月24日，間日55天；夏季為6月24日至8月13日，間日50天；秋季為8月13日至9月30日，間日47天；冬季為9月30日至5月1 日，間日213天。
扶余市全年太陽輻射量東西部平均每平方厘米108.5千卡；百年平均氣溫4.5℃，年無霜期145天。降雪、初冰在10月下旬或11月上旬。穩定結冰期在11月下旬，平均冰厚0.95米左右。大地封凍期在11月中旬，凍土深1.3—2.0米。解凍在3月下旬至4 月上旬之間。
扶余市大氣平均降水145.8毫米，總量約為25.83億立方米，年平均地表流量0.93億立方米。由於受太平洋副熱帶高壓強弱影響，降水量年際變化較大，多時在650毫米以上，少時不足300毫米，而且分布不均，由東向西呈遞減趨勢。受夏季氣壓形式和松遼平原地形風洞的影響，境內常刮西南大風。 2012年，扶余市社會消費品零售總額實現90億元，完成計劃的100%，比2011年增長23.6%。各類金融機構存款余額達61.3億元，比2011年增長4%；貸款余額達38.5億元，比2011年增長5.5%。公路貨運周轉量達到166086萬噸公裏，比2011年增長17%；客運周轉量達到95678萬人公裏，比2011年增長7%。錦繡華城、新天地、文府上苑、英倫東郡、德卡新城、金元小區等房地產開發項目都已開工建設，總建築面積超過40萬平方米。