根據上述職責，省發展和改革委員會設21個內設機構： （壹）辦公室
綜合協調委機關和直屬單位的工作，督促重大事項的落實；承擔委機關文電、會務、機要、檔案等日常工作；承擔信息、保密、信訪、政府信息公開、全省發展改革系統信息化推進等工作；承擔委機關財務、資產管理、內部審計、後勤保障等工作。
（二）綜合處
組織研究全省國民經濟和社會發展的重大問題；分析研究國內外、省內外經濟形勢，進行宏觀經濟的預測、預警，提出對策建議；開展全省經濟運行中的熱點、難點問題研究，提出綜合運用經濟手段調控的措施建議；組織擬訂全省國民經濟和社會發展的年度計劃，包括總量平衡、發展速度、結構調整的目標；負責重要文件和綜合性報告的起草；研究擬訂全省創意產業發展重大政策性文件，跟蹤監督和分析研究全省創意產業發展情況，協調推動創意產業規劃實施和項目建設；承擔委重要信息的新聞發布工作。
（三）政策法規處
組織、參與起草有關政策、法規、規章和規範性文件；負責委機關規範性文件的審查和合法性審核；負責有關法律、法規和規章執行情況的調查研究；負責委機關行政復議、行政執法（包括實施行政許可）的監督和法規規章征求意見的協調工作，組織行政應訴和行政許可聽證；指導、協調和監督招投標工作，核準必須進行招標項目的招標事項，協調管理省招標與采購網。
（四）發展規劃處
研究提出國民經濟和社會發展戰略、規劃生產力布局的建議，提出全省國民經濟和社會中長期發展、總量平衡及結構調整的目標和政策；組織擬訂國民經濟和社會發展中長期規劃、全省主體功能區規劃，並對規劃實施情況進行監測與評估；提出推進全省城鎮化的發展戰略、政策措施及重要設施建設意見；統籌協調全省經濟社會發展重大專項規劃和區域規劃；按規定辦理國內投資項目進口設備免稅確認。
（五）經濟體制綜合改革處
研究經濟體制改革的重大問題，組織擬訂全省綜合性經濟體制改革方案，指導推進和綜合協調經濟體制改革；參與研究和銜接專項經濟體制改革方案，協調推進專項經濟體制改革；指導經濟體制改革試點和改革試驗區工作；協調解決經濟體制改革進程中的重大問題。承擔省行政審批制度改革工作小組的日常工作；承擔省推進公***資源市場化配置工作聯席會議的有關日常工作。
（六）固定資產投資處
監測分析全省全社會固定資產投資狀況，編制全省投資中長期規劃和年度計劃，擬訂全省全社會固定資產投資總規模和投資結構的調控目標、政策、措施；提出深化投資體制改革和修訂投資核準目錄的建議；擬訂年度省級預算內投資計劃建議，安排下達年度省級預算內投資計劃；按管理權限審批、審核城建環保和省屬單位、政法系統建設項目以及市、縣（區）黨政機關辦公用房建設項目。
（七）農業發展處
綜合分析農業和農村經濟發展情況，研究提出全省農業和農村經濟發展規劃、目標和政策，協調農業和農村經濟社會發展的重大問題；統籌農業、林業、水利、海洋與漁業、氣象、畜牧等發展規劃、計劃及行業政策的銜接平衡，提出重大項目布局建議並協調實施；組織編制全省農業生產、建設的中長期規劃和年度計劃；按管理權限審批、審核農業、林業、水利、海洋與漁業、圍墾等建設項目。 （八）交通發展處
牽頭負責交通運輸總體規劃，組織編制綜合交通發展中長期規劃和年度計劃，研究提出全省交通發展戰略、布局和政策措施，統籌交通運輸相關行業規劃、計劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；牽頭負責民航機場規劃和建設工作；會同省住房和城鄉建設廳組織城市地鐵、軌道規劃的審核、上報工作；負責綜合分析交通運輸運行狀況，協調解決重大交通發展的有關問題，提出相關政策建議；按管理權限審批、審核交通建設項目。
（九）能源發展處
研究提出全省能源發展戰略、布局和政策措施，組織編制能源發展中長期規劃和年度計劃，統籌能源各行業發展規劃、計劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；綜合分析能源運行情況，協調解決重大能源項目建設的有關問題，提出相關政策建議；按規定承擔新能源和可再生能源開發工作；負責液化天然氣總體規劃建設、協調；按管理權限審批、審核能源建設項目。
（十）高技術產業發展處
研究分析高技術產業及產業技術的發展態勢，提出全省高技術產業發展、產業技術進步的戰略、規劃和政策措施，統籌科技行業規劃與政策的銜接平衡；組織實施高技術產業發展項目和產業化示範工程；按照管理權限審批、審核高技術產業發展項目和重大科技建設項目；提出並實施年度高技術產業發展計劃；會同有關部門促進產學研聯合，推動技術創新和創業投資事業；推動信息化建設，統籌信息化的發展規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡。
（十壹）工業發展處
會同有關部門組織實施國家產業政策，擬訂本省貫徹意見；研究提出綜合性產業政策建議，推進全省工業結構戰略性調整；參與協調本省工業發展的重大問題，提出並組織協調跨地區、跨部門、跨行業以及需要省裏綜合平衡的重大產業布局和重點區域產業發展；統籌全省工業發展規劃與國民經濟和社會發展計劃的銜接平衡，提出國民經濟重要產業的發展戰略和專項規劃；按管理權限審批、審核工業固定資產投資建設項目，統籌協調重要礦產資源的開發利用；推進重大工業項目前期工作。
（十二）服務業發展處
組織擬訂全省服務業發展戰略、規劃，提出促進服務業發展的政策措施；參與擬訂現代物流產業發展戰略和規劃；參與研究價格總水平的調控目標和調控政策；研究糧食等關系國計民生重要商品的供求關系，參與糧食、化肥等重要農產品、農業生產資料的總量平衡和協調工作，擬訂並組織實施糧食等重要農產品流通設施建設規劃，會同有關部門組織糧、油、化肥、食鹽等重要商品儲備；參與研究內外貿發展戰略和規劃，按規定承擔糧食、棉花等重要農產品進出口管理工作；按照管理權限審批、審核商貿流通、現代物流等服務業領域建設項目。
（十三）對外經濟處
研究提出全省利用外資和境外投資發展戰略、規模、投向及改革政策；組織編制全省利用外資中長期規劃和年度計劃；分析全省利用外資形勢，提出對策建議；參與提出我省外商投資產業指導目錄，引導外資投向，優化利用外資結構；指導省內企業規範境外投資行為；研究提出全省利用國外貸款的總量計劃，參與全省外債管理和結構優化工作，防範外債風險；按照管理權限參與審核外商投資項目；按照管理權限審批、審核境外投資項目、利用國外貸款項目；參與全省對外招商項目推介，參與組織開展重大招商引資活動；參與全省開發區新設、擴區審核和招商引資政策研究；支持重點開發區建設；參與同國外、境外經貿合作、交流等活動；按規定辦理權限內外資項目進口設備免稅確認。
（十四）區域經濟與資源環境處
組織擬訂全省區域經濟發展規劃和政策，指導推進區域經濟協作；組織擬訂並協調實施對原中央蘇區、革命老區、少數民族聚居區、海島和庫區等經濟欠發達地區的扶持規劃、政策和有關項目，組織相關方面向中央申報以工代賑建設等投資項目；協調、銜接土地利用、礦產資源開發、海洋經濟發展、基礎測繪等國土綜合開發與整治規劃、計劃和政策；組織擬訂並實施應對氣候變化規劃及政策措施，銜接生態建設、資源節約和環境保護規劃，協調生態建設、環境保護、節能減排、循環經濟發展的重大問題和協調生態建設、環境保護、節能減排、循環經濟發展的項目建設；組織相關領域及項目的申報。 （十五）社會發展處
研究分析全省社會事業發展態勢和就業與人力資源、收入分配與社會保障情況，提出社會發展戰略和相關政策建議；組織擬訂和實施全省社會發展規劃和年度計劃；協調、銜接人口和計劃生育、文化、教育、醫療衛生、體育、廣播影視、旅遊、新聞出版、民政、檔案，以及社保、就業和收入分配等發展政策、專項規劃；按照管理權限審批、審核社會事業領域建設項目，推進社會事業重大項目建設；協調社會事業發展和改革的重大問題。
（十六）股份制改革與證券管理處
研究區域金融、證券發展戰略、規劃及體制問題，提出相關建議；擬訂直接融資的發展戰略和政策建議，研究擴大企業直接融資規模的政策措施，培育上市後備企業，組織企業上市審核；規範全省企業改制上市工作，指導企業赴境內外資本市場上市融資，指導上市公司規範運作；負責企業債券發行申請和上報，監督檢查資金使用和落實情況；定期分析全省上市公司經營情況，牽頭研究提高上市公司質量的方案；推進產業投資基金、創業投資等股權投資的發展及制度建設。
（十七）項目成果推進處
研究提出全省項目成果轉化的發展思路；組織征集國內外高校、科研機構等的最新項目成果和省內企業的技術需求；牽頭承辦“6?18”中國?海峽項目成果交易會；牽頭開展“6?18”項目日常對接活動；研究提出項目成果轉化的相關扶持政策，匯總下達促進項目成果轉化扶持資金計劃，推動項目成果落地轉化；跟蹤項目成果轉化實施情況。
（十八）國民經濟動員處
組織擬訂全省國民經濟動員規劃、計劃；研究國民經濟動員與國民經濟的關系、研究國民經濟動員與國防建設的關系，協調相關重大問題；組織實施國民經濟動員有關工作；協調國民經濟平戰轉換能力建設。承擔省國防動員委員會經濟動員辦公室的具體工作。
（十九）重大建設項目稽察特派員辦公室（省重大建設項目稽察特派員辦公室）
研究擬訂全省重大建設項目稽察工作的法規及相關規章制度；跟蹤檢查相關行業和市、縣（區）貫徹執行國家投資政策和規定情況，提出相關措施和建議；根據全省固定資產投資計劃，編制年度重大建設項目稽察計劃；組織對中央和省級財政性建設資金投資項目實施情況進行稽察；對違規問題，按國家有關規定提出處理意見。承擔省重大建設項目稽察特派員辦公室的具體工作。
（二十）項目聯絡處（省政府駐北京辦事處項目處）
聯系國務院各有關部門，為我省爭取項目、資金和政策支持，並承擔有關跟蹤、反饋、協調和服務工作。
（二十壹）人事處
負責委機關和直屬單位的機構編制、人事管理等工作。
機關黨委
負責委機關和直屬單位的黨群工作。
離退休幹部工作處
負責委機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。