主要經過工商流程和稅務流程兩個階段。
壹、工商流程
申請人提交開業申請材料，申請材料齊全、符合法定形式的予以受理；申請材料不齊全或不符合法定形式的退回補正材料。
受理的，發放受理通知書；不予受理的，發放不予受理通知書。
審核不通過的，發放不予核準通知書。
審核通過後賦統壹社會信用代碼。
賦碼後，打印核準通知書。
向稅務機關傳輸開業信息，並向質檢部門傳輸相關信息。
進行雙告知。
打印營業執照並向申請人發照。
二、稅務流程
首先，外部信息交換系統獲取工商部門傳遞的“兩證整合”個體工商戶登記信息；
依據個體工商戶生產經營地址（以生產經營地址的行政區劃為標識）按戶自動清分至縣（區）稅務機關；
在核心征管系統中，縣（區）稅務機關確認分配有誤的，將其退回至市（地）稅務機關，由市（地）稅務機關進行人工分配；
省稅務機關無法直接分配至縣（區）稅務機關的，將其分配至市（地）稅務機關，由市（地）稅務機關向縣（區）稅務機關進行人工分配。
各省稅務機關可自行探索自動清分規則，以減少人工清分的工作量。
納稅人首次辦理涉稅事項時，主管稅務機關通過外部信息交換系統獲取個體工商戶登記表單信息及確認其他稅務管理信息。