1、公司稅務異常的處理方式如下：
（1）向主管稅務機關提供稅務異常情況說明和解除稅務非正常狀態的正當理由；
（2）由稅務部門對企業提交的申請進行審核及受理；
（3）相關部門調查核實具體情況後，企業進行補充申報、補繳稅款、滯納金、罰款等對應操作，即可解除企業非正常稅務狀態。
2、法律依據：《中華人民***和國稅收征收管理法》第五十二條
因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金。
因納稅人、扣繳義務人計算錯誤等失誤，未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以追征稅款、滯納金；有特殊情況的，追征期可以延長到五年。
對偷稅、抗稅、騙稅的，稅務機關追征其未繳或者少繳的稅款、滯納金或者所騙取的稅款，不受前款規定期限的限制。
二、公司偷稅漏稅怎麽舉報
1、應當向所在地稅務機關的舉報中心舉報。由於國稅地稅管轄範圍不壹致，要註意弄清楚舉報內容涉及的稅款屬於哪個稅務機關管轄；
2、舉報可以采用書信、口頭、電話或者舉報人認為方便的其他形式提出；
3、實名舉報和匿名舉報。舉報人不願提供自己的姓名、身份或者不願公開舉報行為的，應當予以尊重和保密。鼓勵舉報人盡可能提供被舉報人的姓名、單位、住址和稅務違法事實證據。