企業債和公司債的區別體現在四方面。
壹是發行主體不同：公司債券目前僅能由上市的股份有限公司發行。
二是募集資金用途不同：企業債券的募集資金壹般用於基礎設施建設、固定資產投資、重大技術改造、公益事業投資等方面；而公司債券可根據公司自身的具體經營需要提出發行需求。
三是監管機構不同：公司債券的發行實行核準制，中國證監會審核發債公司的材料是否符合法律制度規定。而發行企業債則由國家發改委審批。
四是對信息披露要求的差異：企業債券的發行人沒有嚴格的信息披露義務；公司債券發行人的信息披露較為嚴格。
從分析角度看，企業債券與公司債券的主要區別有五個方面：
第壹，發行主體的差別。公司債券是由股份有限公司或有限責任公司發行的債券，我國2005年《公司法》和《證券法》對此也做了明確規定，因此，非公司制企業不得發行公司債券。企業債券是由中央政府部門所屬機構、國有獨資企業或國有控股企業發行的債券，它對發債主體的限制比公司債券狹窄得多。
第二，發債資金用途的差別。公司債券是公司根據經營運作具體需要所發行的債券，它的主要用途包括固定資產投資、技術更新改造、改善公司資金來源的結構、調整公司資產結構、降低公司財務成本、支持公司並購和資產重組等等，因此，只要不違反有關制度規定，發債資金如何使用幾乎完全是發債公司自己的事務，無需政府部門關心和審批。
第三，信用基礎的差別。在市場經濟中，發債公司的資產質量、經營狀況、盈利水平和可持續發展能力等是公司債券的信用基礎。由於各家公司的具體情況不盡相同，所以，公司債券的信用級別也相差甚多，與此對應，各家公司的債券價格和發債成本有著明顯差異。
第四，管制程序的差別。在市場經濟中，公司債券的發行通常實行登記註冊制，即只要發債公司的登記材料符合法律等制度規定，監管機關無權限制其發債行為。在這種背景下，債券市場監管機關的主要工作集中在審核發債登記材料的合法性、嚴格債券的信用評級、監管發債主體的信息披露和債券市場的活動等方面。
第五，市場功能的差別。在我國，由於企業債券實際上屬政府債券，它的發行受到行政機制的嚴格控制，不僅明年的發行數額遠低於國債、央行票據和金融債券，也明顯低於股票的融資額，為此，不論在眾多的企業融資中還是在金融市場和金融體系中，它的作用都微乎其微。