但是，為了使扁平化管理在企業中發揮作用，中層管理者的地位和作用與傳統管理方式相比發生了很大的變化。中層管理者必須學會“系統思考”:在傳統管理中，中層管理者在整個系統中承擔的責任和風險相對較少，能夠完成上級交給的任務。中層管理者實施扁平化管理的思想和行為會抵制中層管理者的思想和行為。作為中層管理者，首先要學會“系統思考”，利用公司的專業化和知識資源，保證任務的順利完成，不至於狹隘地在各部門和下屬機構之間形成信息和資源孤島。
優化管理流程，簡化管理崗位:此時職能部門的職能是協助基層業務部門的高層管理決策者進行業務管理和服務提供，為每個崗位設計最簡潔的操作流程，按照優化後的工作流程設計和實施各項工作，確定工作規範，加強對業務和流程中風險控制的監督；敢於擔當，提高團隊執行力:扁平化管理是以地方分權為主，集權為輔的管理。中層管理者在實現目標的過程中分擔更多的責任。如果發現不能按照流程和決策進行的事情，及時糾正，不斷觀察整體規劃的進度，協調可能偏離目標的局部現象，增加業務部門相應的權力，有助於高層領導有足夠的時間和精力投入到戰略決策、挖掘人才、協調任務、培養人才上:在扁平化管理中，管理者和被管理者的素質達不到要求，扁平化管理的效果就會大打折扣。
扁平化管理要求高素質、有能力的員工在不同的變革團隊中有效工作，形成有效的人力資源集合，根據每個人的專長和特點靈活安排工作任務，選擇對企業忠誠、有執行能力、管理能力和團隊合作精神的員工；引導團隊學習和傳播企業文化:面對高職位對工作能力的要求，中層管理者的學習精神和引導團隊成員“學習和工作”也將成為對員工和企業同樣的要求；向企業的每壹個成員傳播和宣傳平等、信任、互助的文化氛圍。