(1)辦公室(政策法規司)。
負責文電、會議、機要、檔案等工作；承擔信息、安全、保密、信訪、新聞發布、宣傳、督查調研、綜合治理、政務公開、信息化建設、應急處置等工作；承擔相關規範性文件的審查工作；承擔行政執法監督工作；承辦行政復議、行政訴訟、聽證和國家賠償。
(2)餐飲服務食品安全監管部門。
負責餐飲服務的食品安全監管；負責餐飲服務許可管理和日常監督管理；監督餐飲服務食品管理標準的實施；負責餐飲服務食品安全的調查、評估和監測，發布餐飲服務食品安全監管相關信息；依法調查處理餐飲服務食品安全事故。
(3)保健食品化妝品監管部門。
負責保健食品和化妝品的衛生監督管理；負責保健食品和化妝品衛生許可；監督保健食品、化妝品生產經營管理規範的實施；監督保健食品、化妝品國家標準和技術規範的實施；負責保健食品和化妝品的監測和不良反應的風險評估；承擔保健食品和化妝品註冊初審工作；承擔保健食品廣告審查監測工作，發布保健食品、化妝品安全監管相關信息。
(4)藥品註冊處(中醫藥和民族醫藥監管處)。
監督國家藥品標準的實施；監督藥物非臨床研究和藥物臨床試驗質量管理規範的實施；擬定中藥飲片炮制規範和民族藥(壯醫藥、瑤醫藥)標準並監督實施；初審非處方藥清單；審查直接接觸藥品的藥品、藥用輔料、包裝材料和容器的註冊；承擔醫療機構制劑註冊審批工作；組織實施中藥品種保護制度。
(5)醫療器械監管辦公室。
監督醫療器械國家標準的實施；承擔醫療器械的註冊和監督管理工作；組織實施醫療器械生產經營質量管理規範；組織醫療器械不良事件的監測、再評價和消除；承擔醫療器械生產經營企業許可證的發放工作；承擔醫療器械廣告的審批。
(6)藥品安全監督辦公室。
監督醫療機構藥品生產、中藥飲片生產、制劑等質量管理規範的實施；承擔特殊藥品的監督管理工作；組織實施藥品分類管理制度；承擔藥品生產、醫療機構制劑、放射性藥品生產經營、醫療機構放射性藥品使用許可證發放工作；承擔委托生產藥品的審核工作；配合有關部門實施國家基本藥物制度。組織藥物不良反應和藥物濫用的監測。
(七)藥品流通監管處(行政審批處)。
監督藥品經營質量管理規範的實施；監督處方藥、非處方藥分類管理制度和藥品召回制度的實施；監督管理中藥材專業市場；承擔藥品經營許可和監管工作；承擔藥品廣告的審批和違法藥品廣告的監測工作；承擔互聯網藥品信息服務和交易的許可和監管工作；負責會同有關部門對藥品招標代理機構的資格認定和招標行為的監管；承擔特殊藥品和反興奮劑條例的許可和監管工作；負責醫療機構藥品使用質量監管，指導藥店規範化管理；負責農村藥品監管網絡和供應網絡的建設和管理；負責行政審批。
(8)監察室。
組織查處餐飲服務、食品安全和保健食品、化妝品、藥品、醫療器械開發、生產、流通和使用中的違法行為；負責相關安全突發事件的應急處理和產品召回；指導和監督本系統的檢查和執法工作；組織實施餐飲服務食品、藥品、醫療器械、保健食品、化妝品等相關抽檢工作，發布質量公告。
(9)人事部門。
負責機關及直屬單位的人事管理、機構編制和勞動工資；負責專業技術人員的職稱評定和執業藥師、住院藥師的管理；監督實施相關藥品從業人員資格編制的資格準入制度；承擔中國-東盟食品藥品安全的對外交流與合作。
(10)財務部。
負責機關財務工作，承擔部門基本建設規劃、設備規劃、部門內部審計和國有資產管理的編制，負責政府采購計劃的編制和審核。
政府機關黨委負責政府機關和直屬單位的黨群工作。
離退休人員辦公室負責機關離退休人員工作，指導直屬單位離退休人員工作。