10年間，廣州開發區不斷優化產業結構，為加快廣州產業結構調整做出了積極貢獻。從65438到0998，廣州開發區和廣州高新區合署辦公後，極大地促進了以廣州科學城為核心基地的高新技術產業發展。按照市委、市政府的部署，廣州開發區著力加快穗東南產業建設。廣州開發區在支持貧困地區發展等方面發揮了積極作用。特別是在幫助廣州老國企搬遷問題上，廣州開發區專門制定了配套政策，從地價、稅收優惠到協助國企嫁接外資、利用國外先進管理經驗和技術，做了大量工作。廣州開發區經過易地改造的老市區企業大多充滿生機和活力。比如廣州寶潔有限公司引進美國P % 26ampg公司的資金、技術和管理方式創新了廣州肥皂廠原來生產的日化產品，生產出新壹代的清潔產品，推動了廣州肥皂廠乃至整個廣州地區清潔產品的升級換代。寶潔還投資了廣州浪奇有限公司的技術改造和產品生產，更大程度上改造了廣州的日化行業。類似的成功轉型企業還有百事亞洲汽水有限公司和卡夫廣通食品有限公司。
此外，隨著廣州開發區的發展，周邊地區的人流、物流、資金流、信息流加速流動，區內黃埔新港吞吐量穩步提升。毗鄰廣州開發區的東莞黃埔區、增城市、麻湧市經濟活力不斷增強，不同程度地促進了商業、旅遊、房地產、鄉鎮企業的發展。