2、投資風險：運輸企業的投資風險主要表現為投資收益率無法達到預期目標而產生的風險。運輸企業的資產主要體現為營運工具等固定資產，這些資產占運輸企業資產的半數以上，也是運輸企業進行經濟活動的重要工具。這些資產投資期較長，初始投資額大，使用期限長，投資回收慢，如果投資決策出現失誤會給企業帶來巨大的經濟損失，其中包括因資產無法有效利用而帶來的經濟損失和資產利用率偏低而造成的資源浪費所帶來的間接損失。此外，由於運輸企業經營活動呈現周期性波動的特點，企業初始投資額的大小對運輸周期波動的敏感性較強，往往會出現在運輸高峰及匯率、利率不利的情況下做出錯誤的投資決策的情況，進而影響到企業未來的營運效益。
3、財務風險：運輸企業的財務風險主要包括籌資風險、利率匯率風險和稅負風險等。首先，運輸企業初始投入成本較高，固定資產所占比重偏大，企業流動比率偏低，同時資產變現能力難以控制，企業面臨巨大的籌資風險，極其容易出現資金短缺影響正常的經營活動。其次，運輸企業直接參與國際競爭，受到利率和匯率的影響較大，目前運輸企業的營運收入主要以國際上通用的硬通貨美元為主，營運成本結算幣種也多種多樣，各國利率的波動和國際市場上匯率的波動都可能給企業帶來經濟損失。此外，由於各國家和地區的稅制不同，對各國稅收制度和相關政策缺乏壹定的了解，很可能使企業在國際業務中遭遇巨大的稅負風險。
4、經營風險：運輸企業的運營過程會受到政治、經濟、政策和自然環境等許多因素的綜合影響。具體到實踐中，行業條文、國際公約的變化都會對運輸企業經營活動帶來直接巨大的影響。此外，貨源缺乏、無序競爭、油價飆升、滯留、配載不當等問題也會影響到企業運營效率和收益的最終實現。