1，沒有行業準入門檻，生產經營者難以區分，尤其是原有食品免檢制度的存在，讓企業橫行無忌，留下了很多監管空白。另外，目前我國法律對違法企業的處罰比較輕，達不到“殺雞儆猴”的效果。現在是“拔雞毛顯猴”，企業違法成本太低，讓很多企業心存僥幸。
2、多頭監管，執行不力。目前我國食品安全監管體制是“分段管理為主，品種管理為輔”的模式，導致食品安全管理碎片化、溝通不暢。由於這些部門的管理體制不同，人、財、物主管部門各有主。因此，“機構聚集”增加了政府管理食品安全的難度。多個部門對壹個方面的監管往往需要政府的協調，增加了管理成本，降低了管理效率。國家美國食品藥品監督管理局與衛生部分合的歷史表明，建立獨立的食品安全監管部門的思路似乎不是很清晰，這不僅影響了食品安全監管的有效性，也造成了責任不明的弊端。
3.食品安全標準體系不完善。主要表現為與國際接軌不到位，食品安全標準體系結構設計不夠合理，對標準的深入研究不夠，部分標準執行力差，甚至強制性標準沒有得到很好的貫徹執行。比如7月修訂的乳品行業標準，被專家評價為“落後25年，全球最差”，中國也被稱為“被少數大企業綁架，全球最差標準”。
4.政府需要運用法律法規和相應的政策工具來監管食品安全。目前政策法規不完善，無法法制化、制度化，沒有長效機制。面對不斷出現的食品安全問題，往往采取“救火式”治理。哪裏有問題就處理哪裏，事發後“刀槍入庫，馬往南放。”於是，制假售假屢治屢禁，甚至全部愈演愈烈。
5.財政投入不足，檢測機構資源配置不合理。中國作為發展中國家，國家財力不足是不可回避的問題。國家財政投入不足造成了以下三個問題:壹是國家急需的壹些檢測項目能力不足。比如食品中未知有毒有害物質、違禁物品、激素、農藥殘留、獸藥殘留、二惡英、瘋牛病檢測、轉基因食品安全性評價等的識別技術。，監督檢驗能力與國際水平的差距逐步加大，制約了食品衛生監督管理水平的提高。二是利益驅動導致執法部門執法行為偏差。比如，壹些執法部門以經濟利益為重點執法，以罰代刑，而且壹旦處罰，執法監管時緊時松，違法行為屢禁不止，有的甚至為違法經營者充當保護傘。三是基層食品衛生監督機構的設置和技術人員的配備不能滿足監督工作的需要。
6、食品生產經營者誠信缺失，道德扭曲。食品生產經營者只註重金錢，喪失了道德底線。他們中的許多人不顧法律的禁止，鋌而走險，想盡辦法以身試法。目前，無論是政府部門還是消費者都很難掌握企業的食品衛生質量信用狀況，難以消除信息不對稱，鼓勵守信者，打擊和遏制失信者，追溯責任，形成誠信的商業氛圍。