對壹個企業增值稅交納情況的審計，首先要從總體上判斷其是否存在偷漏稅的可能。
（壹）銷售額變動率和稅負率分析法。計算公式如下：
1.銷售額變動率＝（本年累計應稅銷售額－上年同期應稅銷售額）／上年同期應稅銷售額×100%
2.稅負率＝本年累計應納稅額／本年累計應稅銷售額×100%
通過計算比較，如發現銷售額增加而納稅額反而減少，或者是稅負率同上年同期相比大幅下降的，極有可能存在偷漏稅行為。
（二）毛利率分析法。計算公式為：
銷售毛利率＝（銷售收入－銷售成本）／銷售收入×100%
若本期銷售毛利率較以前各期或上年同期有較大幅度下降，可能存在購進貨物（包括應稅勞務）入賬，銷售貨物結轉銷售成本而不計或少計銷售額的問題。
（三）銷售額對比法。計算公式如下：
成本毛利率＝本年累計毛利額／本年累計銷售成本×100%
將損益表中的當期銷售成本加上按成本毛利率計算出的毛利額後，與損益表、增值稅報表中的本期銷售額進行對比，若表中數額小，且差距較大，則可能存在銷售額不入賬、掛賬或瞞報等問題。
二、選準增值稅審計重點，從銷項稅入手
隨著國家“金稅”系統的建立，防偽稅控系統的日趨完善，企業通過計算機開具增值稅專用發票面越來越大，而且每月至少壹次將所開具的增值稅發票報到稅務機關稽核，企業要抵扣的進項稅額每筆須經稅務機關認定，否則不予抵扣。因此，企業想多抵扣稅額的可能性不大。面對這種現狀，審計人員就要適時調整審計方向，從過去那種既註重企業進項稅額的審計，又註重銷項稅額的審計，轉變到側重對銷項稅額的審計中來。或許有人會問，如上所述，不是全國絕大多數企業實行計算機開票嗎？甚至好多企業已拒絕接受手工版增值稅發票，還有偷漏稅發生的可能嗎？問題恰恰出在這裏，在實際稅收審計工作中，時常發現有的企業利用這種現代化手段來掩蓋其偷漏稅的行為，蒙蔽審計人員，致使大量國家稅款流失。
三、運用科學方法，多渠道對瞞報計稅額的審計
瞞報計稅銷售額以期達到少交增值稅的目的，這似乎成為任何壹個偷漏增值稅企業常用的手段，而且技法越來越隱蔽。但不管其手法如何高明，無外乎以下幾種方法：
（壹）用普通發票代替增值稅專用發票問題。這種現象常發生在向小規模納稅人，消費者或用於非應稅項目的壹般納稅人的銷售行為。針對這種現象，要著重審查“主營業務收入”、“其他業務收入”，賬戶記錄與企業開具的各種售貨發票金額是否壹致，檢查有無開具非稅務發票的現象；檢查企業增值稅納稅申報上相關收入數是否大於或等於“主營業務收入”和“其他業務收入”之和，否則則要逐筆逐項核對，直至找出原因。
（二）將計稅銷售額記入往來賬戶問題。企業銷售商品時，應將銷售收入記入“主營業務收入”或“其他業務收入”賬戶的貸方，但為了達到偷漏稅的目的，而將其記入“應付賬款”、“其他應付款”的貸方，虛增債務；或記入“應收賬款”、“其他應收款”的貸方，虛減債權。如某企業銷售商品，貨款收訖，作會計處理如下：
方法壹：虛增債務
借：銀行存款
貸：應付賬款——客戶
方法二：虛減債權
借：銀行存款
貸：應收賬款——客戶
這種情況往往伴隨著開具普通發票或用“出庫單”代替發票，有的幹脆不開發票，比較隱蔽。審計時要重點檢查核對往來賬戶各明細客戶的真實性，通過核對出庫單，檢查對應科目，以便發現線索。
（三）以物易物時不反映銷售而只辦理存貨之間轉賬的問題。這種現象常發生在壹家企業的產品為另壹家企業的原材料的兩家企業之間。如，甲企業用其生產的市值7萬元的散熱器（成本為6.5萬元）供應給乙企業生產空調器用，乙企業購買甲企業的散熱器貨款用其生產出的空調器結算，甲乙兩企業之間壹來壹往並不反映銷售，只在存貨中壹增壹減了事。 例：甲企業的會計處理
借：庫存商品——空調器 70000元
貸：庫存商品──散熱器 65000元
本年利潤 5000元
這種情況，審計時不僅要核對存貨出入庫手續，還要核對每月生產車間生產產量記錄，工人工資數額，通過核對不難發現蛛絲螞跡。
（四）銷售不反映銷售額，而是以“生產成本”、“庫存商品”等存貨賬戶以及資金賬戶或往來賬戶對轉的問題。如，甲企業銷售壹批10萬元的棉紗給乙企業，這批棉紗實際成本為9萬元。 甲企業作會計處理如下：
借：應收賬款─乙企業 100000元
貸：生產成本 90000元
本年利潤 10000元
或作會計處理：
借：應收賬款──乙企業 100000元
貸：庫存商品──棉紗 100000元
這種情況，審計時要核對存貨賬戶的貸方發生額，並檢查其對方科目，順藤摸瓜。
（五）將計稅銷售額或差價記入“福利費”、“投資收益”、“資本公積”、“本年利潤”等賬戶，逃避納稅的問題。如，甲企業銷售20萬元的水泥給乙企業用於建造辦公樓，這批水泥實際成本為18萬元。甲企業作會計處理：
借：應收賬款──乙企業 200000元
貸：庫存商品──水泥 180000元
盈余公積 20000元
或者作會計處理：
借：應收賬款──乙企業 200000元
貸：庫存商品──水泥 180000元
應付職工薪酬——福利費 20000元
針對這種情況，審計時要檢查“福利費”、“投資損益”、“盈余公積”、“本年利潤”賬戶的貸方發生額，再檢查其對應科目，環環相扣。
（六）債務重組時，以物抵債不反映計稅銷售額問題。如甲企業欠乙企業30萬元貨款多年未還，甲企業現在發生資金周轉困難，乙企業眼看討債無望，為加速貨幣回籠，同甲企業協商同意，將甲企業生產的市價30萬元的軸承用於抵債，這批軸承實際成本29萬元。甲企業會計處理如下：
借：應付賬款──乙企業 300000元
貸：庫存商品──軸承 290000元
投資收益 10000元
針對這種情況，審計時要檢查“應付賬款”賬戶借方發生額，再檢查其對應賬戶的來龍去脈。
（七）視同銷售業務不申報納稅問題。審計時要檢查“福利費”、“在建工程”、“長期投資”、“營業外支出”等賬戶的借方記錄，核對會計憑證，查明視同銷售是否按規定申報了計稅銷售額和銷項稅額。如某企業用自產的成本價為40萬的水泥用於本企業建設職工宿舍，作會計處理：
借：在建工程 400000元
貸：庫存商品 400000元