1、登錄金稅三期個人所得稅扣繳系統，登進去時會有導向操作：
1）錄入單位信息（把納稅人識別號輸入進去）。
2）獲取辦稅信息（會出現企業信息）。
3）備案辦稅人員信息（辦稅人員姓名身份證號等等）。
4）設置登錄密碼（設置為常用的密碼）。
5）設置數據自動備份。
2、點進去之後會看到有人員信息采集，專項附加扣除信息采集還有綜合所得申報等等。接下來把企業的人員信息采集進去，稅款所屬月份選擇備案的當月。
3、公司新進的員工首次進行代扣代繳，需要添加人員信息采集。如果企業人員較多，財務人員單獨登記不過來，可以選擇把表格模板導出來，由員工填寫好後再導入系統，涉及的信息有證件類型、證件號碼、姓名、性別、出生日期、國籍、任職時間、手機號碼等必填項。導入之後點擊報送，最後獲取反饋，人員狀態顯示正常，報送狀態顯示報送成功，身份驗證狀態顯示驗證通過人員信息采集完畢。
4、如果員工從企業離職，人員信息狀態要從開始的正常狀態調整為非正常狀態，調整之後不必再為此員工代扣代繳個稅。
5、專項附加扣除會涉及子女教育支出、繼續教育支出、住房貸款利息支出、住房租金支出、贍養老人支出信息登記。如果企業人員較多，比如大型建築企業，員工幾百上千，無法獲取專項附加扣除信息，員工可以下載自然人稅收管理系統手機APP客戶端，讓員工自行在APP填列，聯網狀態下企業端可以同步信息。比如子女教育的信息，子女的姓名身份證號年齡受教育時間都需要備案在系統裏，不需要單獨到稅務局備案。
6、綜合所得申報，包括員工的正常工資薪金所得、全年壹次性獎金收入、年金領取、解除勞務合同壹次性補償金、稿酬所得、特許權所得等都在綜合所得預扣預繳表裏，企業代扣代繳主要是正常工資薪金所得項，點擊進行填列，需要進行明細申報，因為每個員工的工資、個稅、專項附加扣除都不壹樣。本期收入需要手動填列。
7、員工的本期應納稅額會根據收入減去減除費用專項扣除項後來計算，按月進行累計，比如某員工沒有專項扣除和專項附加扣除，1月應納稅所得是4000，2月應納稅所得是6000,2月雖然超過了減除費用5000，但是1-2月累計應納稅所得額減減除費用剛好為0，2月也不用交稅。
8、綜合所得申報順序：
1）收入及減除填寫。
2）稅款計算。
3）附表填寫。
4）申報表報送。
申報成功後，記得查看申報狀態是否已申報。如顯示“已申報”，則申報成功；反之，則未申報成功，需根據相關提示進行修正，修正完成後再次進行申報。