部隊設置的從事軍事任務的碼頭不適用本辦法。第三條 杭州市交通管理局是本市專用碼頭行業管理的行政主管機關。
杭州港務管理處（以下簡稱水上交通管理機構）具體負責專用碼頭的行業監督管理工作。
公安、工商行政管理、稅務、水利、規劃等部門應按各自職責範圍協助搞好專用碼頭的管理工作。第四條 專用碼頭分為三類：
（壹）為本單位業務所需，對外不發生費用結算的非經營性碼頭；
（二）在完成本單位任務後，對外提供服務的半經營性碼頭；
（三）為社會提供服務的經營性碼頭。第五條 專用碼頭的設置和建設，按有關建設工程審批程序辦理審批手續。設置的臨時性專用碼頭（泊位）使用期滿或國家建設需要，應無條件自行拆除。第六條 凡屬非經營性專用碼頭，必須到水上交通管理機構登記，接受管理。
凡需從事經營性、半經營性船舶裝卸、碼頭平面搬運、儲存等雜項作業的專用碼頭單位和個人，必須按下列程序辦妥手續後，方可經營：
（壹）單位持上級主管機關證明，個人持所在地街道辦事處或鄉（鎮）人民政府證明，在城市規劃區範圍內作業的，還必須持《建設工程規劃許可證》，向水上交通管理機構提出申請，填報登記表；
（二）水上交通管理機構在收到申請之日起三十日內提出審核意見，符合條件者，發給《港口經營許可證》；
（三）申請者憑《港口經營許可證》及有關證件，向所在地工商行政管理機關申請開業，由工商行政管理機關按照國家有關企業及個體經營登記管理規定進行審查，核發營業執照；
（四）申請者在領取營業執照之日起三十日內，持營業執照向主管稅務機關申請辦理稅務登記。
專用碼頭單位和個人需要擴大使用能力或變更用途，必須按上述規定辦理變更登記手續。第七條 經營性半經營性的專用碼頭單位和個人要求停業的，應向水上交通管理機構繳銷《港口經營許可證》，並向工商行政管理機關辦理註銷登記手續。第八條 從事經營性業務的專用碼頭單位，應優先安排杭州市人民政府下達的疏港任務。第九條 從事經營性、半經營性業務的專用碼頭單位和個人，在結算費用時必須嚴格執行物價、交通管理部門制訂的收費標準，統壹使用財稅、交通管理部門制訂的《杭州港碼頭專用發票》。第十條 專用碼頭單位和個人需招用外來臨時工從事船舶裝卸、貨物搬運等雜項作業的，必須遵守外來臨時工管理的有關規定，接受公安、勞動、計劃生育等有關部門的監督管理。第十壹條 任何單位和個人不得擅自侵占交通管理部門或城市規劃管理部門劃定的專用碼頭及港口陸域。第十二條 專用碼頭單位和個人，應定期向水上交通管理機構報送貨物吞吐量完成情況等各類統計資料。第十三條 專用碼頭單位和個人必須按規定繳納稅金和各項規費。第十四條 專用碼頭單位和個人必須執行水上交通管理機構的各項應急決定，及時完成搶險、救災、外事、春運、疏港等特殊任務。第十五條 任何單位和個人需在港口陸域修建各種設施時，事先應向水上交通管理機構提出申請，並提供地形圖、平面布置和有關文件資料，經審核同意後，再向有關部門辦理其他有關審批手續。修建與航道管理有關的設施，應征得水上交通管理機構的同意，並辦理有關審批手續。第十六條 經批準在港口陸域範圍內建設各種設施的單位和個人，必須遵守國家基本建設程序和有關規定，在建設過程中，必須嚴格按照批準的設計、施工方案實施。需要變更原設計、施工方案的，應征得原批準機關的同意。工程竣工後，必須經建設單位的上級主管部門和有關管理機構驗收合格後，方能交付使用。第十七條 水上交通管理機構對專用碼頭單位和個人從事裝卸、儲存等業務進行指導、檢查和監督，並提供服務。第十八條 水上交通管理機構應對專用碼頭單位和個人的安全生產進行指導、監督。
專用碼頭單位和個人從事裝卸、搬運、儲存危險貨物業務，事先應向水上交通管理機構提出申請，經審核同意後，再向有關部門辦理特許手續，方可作業。