申請使用中央財政專項資金和應對突發公共事件專項資金，按照有關規定執行。第十條業務主管部門應當自收到申請文件之日起7日內進行審查，並作出是否受理的決定。不予受理的，應當書面告知申請人並說明理由。第十壹條業務主管部門應當對受理的申請及時進行審查。投資額較大、專業性較強的項目，應當組織專家成立評估論證小組或者委托具有專業資質的社會中介機構進行評估論證。對經濟、社會和環境有重大影響的項目，應當向社會公示，廣泛征求公民、法人和其他組織的意見。依法應當舉行聽證的，應當組織聽證。
歸口管理的專項資金項目需要報發展改革、科技、信息產業、信息化等部門審查的，由業務主管部門報其審查。第十二條申請使用上級人民政府專項資金的，財政部門或者業務主管部門應當對申請文件和相關材料進行審核後，報上級人民政府財政部門或者業務主管部門。需要與財政部門聯合報送的，經財政部門會同業務主管部門審核後，報送上級人民政府財政部門和業務主管部門。第十三條對於不需要提交申請文件的個人家庭補貼和專項資金補貼，財政部門和業務主管部門應當做好相關數據的調查統計和專項資金需求的測算工作。第十四條專項資金預算的編制應當按照預算管理的有關規定執行。第十五條專項資金的分配應當堅持公開、公平、公正和擇優的原則，科學合理地確定專項資金的分配方案、分配方式和分配金額。第十六條財政部門根據專項資金的性質和有關規定，確定專項資金的支付方式。第十七條發展改革、科技等部門應當根據批準的專項資金預算，及時下達專項資金安排計劃，進行集中管理。第十八條業務主管部門或專項資金使用單位應根據專項資金預算、歸口管理的專項資金安排計劃、項目實施進度和支付方式編制專項資金使用計劃，並報同級財政部門。
財政部門應當及時審核專項資金使用計劃，符合要求的，按照資金使用的時間要求撥付專項資金。不符合條件的，應當書面告知申請人並說明理由。第十九條由業務主管部門分配專項資金使用計劃，專項資金使用單位應根據項目進展情況向業務主管部門提交實施計劃。業務主管部門應及時審核，符合要求的，自收到支付計劃之日起10日內撥付專項資金。第二十條上級財政部門和同級財政部門滿足下級財政部門的專項資金需求，財政部門應當及時下達。第二十壹條受季節影響較大的農業、林業、水利等專項資金，應根據其特點及時分配和下達。突發公共事件急需的專項資金等。，應按規定隨時分配和發放。第二十二條專項資金應當專款專用，任何單位和個人不得截留、挪用。
因特殊情況確需調整專項資金使用單位、變更項目內容或者調整預算的，應當按照規定程序報批。第二十三條專項資金項目管理費應按規定提取和使用。任何單位和個人不得以任何方式提取管理費。