物流企業在構建管理信息系統的進程中，也暴露出壹些壹時難以解決的問題。歸結起來，***性問題有：
1.思維認識不足。管理信息系統是以人為核心的綜合性人機系統，它的運行基礎是科學的管理模式和健全的業務流程。我國大多數物流企業還停留在傳統的經驗管理、人情管理模式上，沒有完整的科學管理辦法。很多物流企業面對信息化，構建管理信息系統時，總認為買壹套軟件來，配合幾部電腦，能接通網絡，就算實現信息化了，可見誤區很嚴重。事實上企業的信息化建設能否取得成功，除了相關的技術因素之外，更主要的因素將取決於能不能將先進的管理理念同企業的具體實際相結合，這恰恰是眾多物流企業的軟肋。
2.管理信息系統開發成本高。管理信息系統不僅僅是信息硬件和軟件的簡單搭配，它應當是企業業務流程的數據體現，因此管理信息系統更是企業的系統解決方案。目前中國物流領域中信息技術應用和普及的程度還不高，大多數物流企業尚不具備運用信息技術處理物流信息的能力。同時，擁有管理信息系統的企業其信息化需求也多數屬於低層次需求。造成這種狀況的主要原因是管理信息系統的開發成本較高，物流企業的原始積累尚不足以抵補昂貴的開發成本。另外物流企業的市場準入門檻低，市場上缺乏成熟的可供物流企業做二次開發的管理信息系統。
3.對環境變化的響應速度慢。任何類型的管理信息系統都基於某種運算規則所設計
，其對應的流程不能視為放眼四海而皆準的規範，尤其對於市場上購買非面向企業實際獨立開發的管理信息系統，必定經常出現業務流程與數據流程不匹配的現象，導致管理信息系統不能因業務環境的變化而靈活變化。如某海運公司所使用的管理信息系統，對於港口壓港、客戶更換收貨地、提單與艙單貨物信息不對應或進出口貨物受阻等意外情況，就無法及時響應對作業計劃做出調整。
二、物流企業管理信息系統的構成及其可靠性
針對前述***性問題，物流企業在構建管理信息系統時必須對其可靠性給予充分考慮，這裏所說的可靠性指管理信息系統在規定的條件下和規定的時間內，完成規定的功能。
可靠性研究緣於過程系統，如連續生產的制造業就屬於典型的過程系統。從連續的內涵分析，物流企業也應屬於過程系統，它環環相扣具有高度流動性。已有很多學者對系統的可靠性給予密切的關註。
美國Pullman Kellogg公司經5年的調查，結論為，當系統可靠性下降時，會給企業造成巨大的經濟損失，這種由於可靠性原因而造成的經濟損失，在幾年內就可能超過企業的總投資。
物流企業管理信息系統是個復雜的開放系統，認為它由人、機、環境、流程四個子系統構成，而且這些子系統密切關聯，管理信息系統的可靠性可用公式表示：
RMIS=RH*RM*RE*RP
既然管理信息系統的可靠性涉及這四個子系統，那任何壹個方面都不能忽視：培訓員工發揮員工的能動作用，提高人的可靠性；合理選用設備、時常維護、降低故障率，提高機的可靠性；使組織系統化、管理規範化，並註意業務與信息匹配，提高環境的可靠性；對業務流程詳細分析設計，系統的數據流程對應於業務流程，另外開發系統應與流程再造同步進行，提高流程的可靠性。
1.不斷提高員工的業務素質。機_子系統的可靠性很大程度上是設備在性能、安裝、調試時所固有的，而環境_子系統的可靠性在很大程度上通過人的可靠性反映出來。所以人的可靠性更應引起管理者的重視。
未來是信息商戰的時代，管理信息系統運行良好成為企業業績的象征。中國的物流業已步入前進的快車道，後WTO時代物流業將全面向世界開放，今後就是人才資源的比拼，因此加快人才的培訓、培養、引進和知識更新，盡可能地把操作人員培養成專家，把經營者培養成企業家，進而提高企業從業人員的整體素質。
2.管理的規範化和組織的系統化。我國物流企業管理水平落後的壹個重要方面，就是管理不規範。由於管理及流程沒有標準，因此管理者往往成為救急者，成為被動的問題解決人員，而不是主動的價值創造者。對於現代物流企業來說，管理規範化需要解決兩個問題，壹是確立標準的物流業務模型，二是確立標準化的物流運作程序管理目標。企業管理的規範化是壹個長期不間斷的努力過程，是無止境的，關鍵是管理者必須對規範化的基本特征有清醒的認識，在強化企業管理過程中有既定的思路，能結合本企業的實際情況，有針對性地強化壹些環節。
現代物流的特點是系統化組織物流各環節，實行跨區域的壹體化運作，與之相適應的是運輸、倉儲等各部門的壹體化管理。物流企業應該定位於是為貨主企業提供全方位、系統化的綜合性物流服務，即指實施將客戶的采購、生產、銷售等過程的實物流和信息流予以綜合考慮並進行系統化、整體化的物流。
3.開發系統與業務流程再造同步進行。程龍生教授曾提到企業在實施MIS或ERP系統同時進行業務流程重組，徹底轉變企業的管理模式，不但實現了企業的信息化建設目標，而且可保證信息化的實效。
企業信息化是壹個系統工程，涉及到企業生產、經營、管理等各個方面，利用信息技術為載體，努力去除冗余和僵化，塑造科學合理高效的經營模式，這才是信息化的根本目標。
4.善於發現問題，分析、改進。信息系統使用過程中，應善於發現問題和錯誤，針對存在的問題及時解決，完善處理。管理信息系統存在的問題可能是管理思想和方法落後，業務流程不盡合理，也可能是因為計算機信息系統升級換代。
開發管理信息系統最後壹步是系統運行，只有在運行過程中才能發現問題，及時解決處理。此外管理信息系統非獨立，還受環境的影響，如客戶改單、車輛事故等意外情況，或者業務流程調整、戰略變更等情況，必須對管理信息系統做改進。
三、小結
隨著國家標準《物流企業分類與評估指標》的頒布實施，物流企業的管理進壹步規範化，對中國未來物流業的發展格局將有深遠的影響。物流企業在積極應對加入WTO世界性競爭，響應評估指標時，比較關註數量、規模、效益等指標，對於信息化指標卻存在誤區，認為信息化建設、應用管理信息系統就是計算機硬件和軟件的搭配，必定給現實工作造成很多難題。所建立的管理信息系統不僅未取得預計的效果，反而使企業效益急劇下坡的現象比比皆是。很多企業家痛呼不搞信息化等死，搞信息化找死，這是壹個值得深思的課題。
企業信息化建設是時代的潮流，不為任何人的意誌左右，而建立有效的管理信息系統是企業信息化的表征。從系統科學的角度，管理信息系統是壹個高度復合的開放系統，涉及人、機、環境、流程等四個子系統，每個子系統都對管理信息系統的可靠性具有極大的影響，任何方面都不可忽視。總之，物流企業信息化必須以系統的眼光分析，以系統工程技術開發，以系統流程運用，方能獲得預期的滿意效果。