中小企業具有規模小、投資少、經營方便、資本實力弱、融資渠道單壹、經營靈活等特點。中小企業在引入會計電算化的過程中不可避免地會遇到壹些問題，主要表現在以下幾個方面。1.對會計電算化的重要性認識不足從現狀來看，國內中小企業對會計電算化存在較大的誤解，對其重要性缺乏深入正確的認識，未能認識到會計電算化對促進企業發展的重要意義。許多中小企業主認為，會計電算化是壹種新的會計管理方式，實現了從紙質到電子的轉變，有助於提高工作效率。但是，對會計電算化對提升企業財務管理水平的作用認識不足，中小企業的投資資金也較少。大多數中小企業出於降低成本的考慮，不願意在會計電算化上投入過多的資金。另壹方面，由於中小企業財務管理人員思維定勢，對會計電算化有抵觸情緒，不願意主動學習和接觸新事物，對會計電算化持懷疑態度，極大地阻礙了會計電算化的發展。2.會計電算化內部控制制度不健全。實行會計電算化後，會計人員的工作內容和職責也發生了很大的調整和變化。大多數中小企業對會計電算化背景下的職責分工、崗位劃分、工作職責、信息安全、系統管理等都制定了明確的管理制度。壹些中小企業沒有建立完善的電子化財務管理系統，極大地制約了會計電算化的發展。
第三，財務人員缺乏會計電算化知識
會計電算化對會計人員的專業素質提出了更高的要求。對於中小企業的會計人員來說，對電算化會計的操作能力相對較低。壹方面，中小企業財務人員專業素質較低，無法嚴格執行持證上崗制度，很多工作人員實際上並不具備職業資格。即使是有上崗證的會計，對會計電算化的理解也很低。另壹方面，中小企業由於經營效率和薪酬水平的限制，招不到高素質的會計人員。工作人員對會計電算化了解不多，即使聘請專業的會計電算化人才，也無法解決實際問題。
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