根據上述主要職責,省商務廳內設24個職能處(室)：
(壹)辦公室。
擬訂廳工作制度，負責文電運轉、會議組織、新聞發布、政務信息、督查督辦等日常政務；管理機關行政事務工作；接待群眾來信來訪；負責廳機關行政財務經費支出管理工作。
(二)人事教育處。
負責廳機關和直屬單位的機構編制、幹部人事管理、勞動工資、社會保障和駐外人員選派等工作；指導全省商務系統職工的教育培訓工作。
(三)政策法規調研處。
負責國家有關國內外貿易、國際經濟合作、外商投資方面法律法規的宣傳和實施；組織起草全省相關的地方性法規、規章草案；負責全省重大經貿協議、合同、章程和重大爭議案的研究與協調；研究分析全省內外貿易流通、國際經濟合作、吸引外資形勢和管理體制改革，並就重大問題提出意見和建議；負責起草重要綜合性文件、報告；承辦廳行政復議和行政訴訟工作。
(四)規劃財務處。
研究編制全省內外貿易和國際經濟合作的中長期規劃,匯總提出年度調控目標；負責全省內外貿易和對外經濟合作運行狀況的監測、分析；編報各項國內外貿易和國際經濟合作業務資金、專項基金、基建投資計劃並實施監督和管理；負責全省國內外貿易和國際經濟合作統計及其信息發布工作；監督管理廳直屬單位的國有資產運營；負責廳財務費用使用情況和直屬單位內部審計監督。
(五)東北亞處。
研究擬訂全省對朝鮮、韓國、日本和蒙古貿易的發展規劃、政策和措施;指導省內企業開發朝、韓市場,推動我省在該區域的進出口貿易和國際經濟合作業務的開展;指導、管理對朝邊境貿易;負責申報對朝邊境小額貿易經營權;協調有關部門改善對朝邊境貿易環境。
(六)歐美處。
貫徹執行國家制定的與歐美國家(地區)經貿政策，提出與歐美國家(地區)經貿合作規劃、政策和措施；貫徹實施對歐美國家(地區)市場多元化戰略；組織協調我省與歐美國家(地區)的經貿交流活動，推動我省在該區域的進出口貿易和國際經濟合作業務的開展；負責指導、管理全省對俄邊境貿易。
(七)亞非及大洋洲處。
貫徹執行國家制定的與亞洲、非洲及大洋洲國家(地區)經貿政策，提出與亞洲(南亞、中亞、西亞,下同)、非洲及大洋洲國家(地區)的經貿合作規劃、政策和措施;貫徹實施對亞洲、非洲及大洋洲國家(地區)市場多元化戰略；組織協調我省與亞洲、非洲及大洋洲國家(地區)的經貿交流活動，推動我省在該區域的進出口貿易和國際經濟合作業務的開展。
(八)臺港澳及東南亞處。
貫徹執行國家對香港、澳門特別行政區以及臺灣地區的經貿政策、規章;組織與香港、澳門的經貿交流與合作；協調和指導我省對臺貿易。負責提出我省與東南亞特別是東盟各國的經貿合作規劃、政策和措施，推動我省與東盟各國在貿易進出口、投資和經濟技術交流等方面的合作。
(九)國際經貿關系與經濟援助處。
貫徹執行國家多邊經貿政策；參與多邊對外經貿談判、國際服務貿易對外談判和國際經貿條約、協定的談判；承擔聯合國等國際組織對我省經濟技術合作的有關管理事務；負責國家簽訂的國際經貿條約、協定在我省的落實；爭取聯合國機構和外國政府對我省的多邊、雙邊無償援助項目，並負責後期協調、監督和管理；負責我省企業承擔國家對外經濟技術援助項目的申報和後期管理工作；聯系我國駐外使(領)館經商參處(室)和外國駐我省商務機構。
(十)世貿組織處(世貿組織通報咨詢處)。
負責入世後全省商務系統的應對工作；組織世貿組織規則及相關知識的宣傳和培訓；負責全省有關貿易和投資等方面法規、政策的對外通報、咨詢；負責世貿組織中涉及我省相關事務的研究、指導和服務工作；對我省涉及世貿的重大問題組織調研，提出意見和建議。
(十壹)對外貿易處。
參與擬訂全省進出口商品中長期規劃和相關政策；編報並組織實施全省壹般貨物的進出口年度調控計劃；負責進出口商品配額及許可證管理；負責各類企業對外經貿經營資格和國際貨運代理資格的審定和年檢；指導省內和赴省(境)外各種交易會、洽談會等貿易促進活動。
(十二)機電產品進出口處(吉林省機電產品進出口辦公室)。
擬訂和執行全省機電產品進出口中長期發展規劃和年度指導性計劃；貫徹實施國家機電產品進出口、成套設備出口、加工貿易的政策和措施，推動機電產品出口生產體系建設；統計分析機電產品進出口情況；擬訂進口機電產品和成套設備招標規則及管理辦法並組織實施。
(十三)科技發展和技術貿易處。
擬訂並執行全省技術貿易發展規劃和年度指導性計劃；貫徹執行國家技術貿易政策、規章以及鼓勵技術出口政策和國家出口管制政策；推進科技興貿戰略；管理技術、高技術產品的出口和技術引進工作；負責技術進出口統計工作。
(十四)市場體系建設處。
研究擬訂健全、規範全省流通領域市場體系的政策、規定，協調打破市場壟斷、行業壟斷和地區封鎖的有關工作；研究提出引導省內外資金投向市場體系建設的政策,指導城市商業體系建設，推進農村市場體系建設；指導大宗產品批發市場規劃工作；組織擬訂市場體系標準,推進商品流通市場的標準化建設；按有關規定對拍賣、典當、租賃、舊貨流通活動進行監督管理。
(十五)商業改革發展處。
擬訂全省現代流通服務業的發展戰略、行業規劃和有關政策並組織實施；貫徹國家關於優化流通產業結構、深化流通體制改革的方針政策，擬訂連鎖經營、物流配送等現代流通方式的發展規劃並組織實施；組織開拓城鄉市場；指導流通企業改革；按有關規定對全省成品油流通進行監督管理。
(十六)市場運行調節處。
監測、分析全省市場運行和商品供求狀況，負責市場預測、預警和信息發布,研究提出進出口調控建議；負責重要消費品(肉類、食糖等)儲備的管理和市場調控，協同有關部門組織實施“菜籃子”商品流通規劃；指導報廢汽車管理和再生資源回收工作；負責繭絲綢協調工作和生豬屠宰管理的相關工作。
(十七)服務業發展處。
組織實施餐飲、住宿等服務行業的國家行業標準、市場規則和技術、服務質量標準；研究提出地方餐飲、住宿等服務行業的管理規範並組織實施；組織協調吉菜開發和推廣工作；負責本行業安全生產管理、監督工作。
(十八)投資促進處。
參與擬訂全省外商投資中長期發展規劃，擬訂並實施全省外商投資政策；歸口管理全省對外招商引資和投資促進工作，組織全省重大對外招商活動；推介對外招商項目,促進外資項目的實施；根據授權負責設立外商投資企業的審批或審核上報工作;指導全省外商投資企業合同、章程的審批工作；承擔省利用外資工作領導小組辦公室日常工作。
(十九)外國投資管理處。
指導和管理全省已設立外商投資企業相關業務的審批和進出口工作；核準國家規定的限額以下、不需要綜合平衡的外商投資企業的有關項目合同、章程及法律特別規定的重大變更(增資減資、轉股、合並)；監督檢查外商投資企業執行有關法律、法規和合同章程的情況並協調解決有關問題；負責外商投資統計工作；負責協調並參與全省利用外資環境改善和建設工作。
(二十)對外經濟合作處。
研究擬訂全省對外經濟合作政策及規章制度；管理全省對外承包工程、勞務合作、設計咨詢等對外經濟合作業務；負責省內企業對外投資設立企業(金融企業除外)、對外經濟合作企業經營資格的核準、申報和監督管理；負責全省對外直接投資統計工作。
(二十壹)進出口公平貿易與產業損害調查處。
指導、協調國外對我省反傾銷、反補貼、保障措施的應訴及相關工作；承擔反傾銷、反補貼、保障措施等涉及我省案件的產業損害調查；建立全省產業損害預警機制和貿易磨擦監控體系；指導並協調省內有關部門和相關中介組織產業安全方面的工作。
(二十二)信息化處。
擬訂全省國內外貿易、國際經濟合作、吸引外資領域信息化建設規劃及相關管理辦法並組織實施；擬訂運用電子商務開拓國內外市場的相關政策、措施;負責進出口預警、市場運行和商品供求監測體系的電子信息網絡建設；負責廳電子政務及網站管理工作。
(二十三)吉林省口岸辦公室。
負責全省口岸開放規劃和開放口岸的審核申報工作；協調處理口岸工作中的重大問題；會同有關部門審查口岸及配套設施建設的投資計劃；組織落實新開口岸設施和老口岸改造；協調全省口岸有關工作。
(二十四)老幹部處。
負責廳機關離退休人員管理服務工作；指導直屬單位的離退休人員管理服務工作。
機關黨委。負責廳機關和直屬單位的黨群工作。