為使組織能夠最有效率地實現其經營目標，根據目前的管理理論和實踐，企業組織機構的設置應遵循以下六點原則：
（壹）任務目標原則
任何組織都是為實現特定目標而設置的，沒有任務和目標的組織就沒有存在的價值。每壹個組織及其每壹部分，都應當與其特定的任務目標相關聯。組織的調整、增加、合並或取消都應對實現目標是否有利為衡量標準。
（二）分工協作原則
組織設計中要堅持分工與協作的原則，做到分工合理、協作明確。對於每個部門和每個員工的工作內容、工作範圍、相互關系、協作方法等，都應有明確規定。
（三）統壹領導、權力制衡原則
統壹領導是指無論對哪項工作來說，壹個下屬人員只應接受壹個上級主管的命令。
權力制衡原則要求首先必須在企業高層組織中形成權力制衡機制，設立專門的監督機構，如公司中的股東大會、監事會，國有企業中的員工代表大會，紀檢、監察部門等，對行政領導進行監督。
（四）權責對應原則
為了實現組織目標，各項工作必須明確責任。要承擔責任，就必須要有相應的權力。無論是權大責小還是責大權小，都會影響組織目標的順利完成。有責無權或責大權小，會導致負不了責任；而權大責小，甚至有權無責，則會造成權力的濫用。
（五）精簡及有效跨度原則
精簡是指組織機構、人員和管理層次在保證功能有效的前提下，盡量減少辦事程序及規章制度，力求簡單明了，努力使每個成員都能滿負荷高質量地工作，最大限度地提高企業整體效率。
（六）穩定性與適應性相結合原則
企業的管理機構是保證企業正常運行的基礎，因此，應保持相對穩定性，避免情況稍有變化就使系統出現混亂而影響正常工作秩序。同時，管理機構又是企業實現經營目標的工具，隨著客觀條件的不斷變化，企業的目標和戰略必然會經常作必要調整，這就要求組織必須隨之進行相應的調整，以保持對外部環境和組織目標的適應性。