(2)政策法規司
擬定全省環境保護政策；起草環境保護地方性法規草案；承擔與環境保護有關的其他決策工作；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承擔環境保護行政處罰；承辦機關的行政復議和行政應訴。
(3)計劃財務室
組織編制全省環境功能區劃和環境保護規劃；協調和審查環境保護專項規劃；管理省級環境保護專項資金和項目；承擔機關和直屬單位的財務、國有資產管理和內部審計工作；提出全省環境保護領域固定資產投資規模和方向、財政資金安排和年度資金使用計劃的建議，並組織檢查驗收。
(4)科技標準司(國際合作司)
承擔環境保護方面的科技工作；參與制定全省環境保護科技發展規劃和計劃；管理環境保護科研項目和成果；組織環境保護新技術的示範和推廣；制定地方環境標準、環境基準和技術規範；參與引導和推動循環經濟、清潔生產和環保產業發展；承擔全省環境保護國際合作與交流的管理工作；承擔國際環境保護條約的實施工作；參與處理涉外環保事務；承擔外事工作。
(5)環境影響評價辦公室
承擔規劃環境影響評價、政策環境影響評價和項目環境影響評價；監督管理環境影響評價機構資質及相關專業資質；對超過汙染物總量控制指標、生態破壞嚴重或尚未完成生態修復任務的地區，暫停審批除汙染減排和生態修復項目以外的所有建設項目的環境影響評價文件；負責省級審批的建設項目竣工環境保護驗收。
(6)汙染物排放總量控制辦公室
制定全省主要汙染物排放總量控制和排汙許可證制度並組織實施；對總量控制計劃提出建議；評估總排減量；承擔環境統計和汙染源調查；組織排汙權交易。
(7)汙染防治處(流域水環境管理辦公室)
制定並組織實施水、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品和機動車等汙染防治管理制度；建立跨市河流斷面水質評價制度並組織實施；組織實施強制性清潔生產審核；組織制定相關汙染防治計劃並監督實施；承擔全省水環境質量管理和水汙染防治工作；組織編制地表水環境功能區劃和流域環境保護規劃；指導、協調和監督海洋環境保護。
(8)核與輻射安全監督管理辦公室
承擔核與輻射安全管理工作；監督管理核技術、電磁輻射和汙染防治在伴生放射性礦產資源開發利用中的應用；負責放射性廢物管理和輻射事故應急工作；參與核事故應急；配合環境保護部對核材料管制和民用核安全設備設計、制造、安裝進行監督管理。
(9)自然生態保護部(農村環境保護部)
組織編制生態保護規劃；提出新建國家級自然保護區的建議和地方級自然保護區的審批意見，審批自然保護區的開發建設規劃，監督省級自然保護區的保護工作；組織保護生物多樣性、生物遺傳資源和農村生態環境；開展全省生態狀況評估；指導生態示範創建，推進生態文明建設；承擔全省生物技術環境安全管理工作；指導農村環境綜合整治和生態農業建設。
(10)環境監察局
監督環境保護規劃、政策、法規和標準的實施；組織制定重大突發環境事件和生態破壞事件應急預案，指導和協調調查處理；協調解決跨區域環境汙染糾紛；組織實施省內申報登記和省外核準的建設項目環境保護“三同時”監督檢查；組織管理全省環境監測網絡，組織實施全省環境監測機構標準化建設；負責處理與環境保護有關的信訪事項(以辦公廳信訪室的名義對外使用)。
(11)環境監測和信息辦公室
組織和指導全省環境監測和環境信息管理工作；承擔發布環境狀況公報的相關工作；調查和評價全省環境質量並進行預測和預警；建設和管理全省環境監測網絡和環境信息網絡。
(12)宣傳教育司
制定並組織實施全省環境保護宣傳教育計劃；組織開展生態文明和環境友好型社會建設的宣傳教育工作；承擔辦公室的新聞審查和發布工作。
(十三)人事部門
承擔機關及直屬單位的機構設置和人事管理工作；承擔全省環保系統領導幹部雙重管理的相關工作；承擔全省環境保護行政管理體制改革的相關工作；承擔全省環保系統幹部教育、培訓和管理工作。
政府機關黨委負責政府機關和直屬單位的黨群工作。
離退休幹部辦公室負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。