檔案的整理是將分散的、進壹步組織起來的檔案進行分類、組合、整理、編目，形成有序體系的過程。
檔案整理是企業檔案管理中相對獨立的壹部分，其體系結構和運行機制具有壹定的特點:壹方面，就每壹個完整的檔案復合體的生成及其全過程而言，檔案整理是由若幹個可以分解和相互聯系的內部環節(要素)組成的有機系統；另壹方面，就壹個具體的檔案管理企業而言，由於具體的環境和檔案狀況，整理工作的項目是不同的。檔案整理工作的主要內容包括:區分全宗族，對全宗族內的檔案進行分類，編保管單位(壹般是歸檔)，整理檔案，編制檔案目錄。
首先，區分整個氏族
企業檔案全宗是特定企業在生產經營和其他活動的歷史過程中形成和積累的。它們是由各種原始記錄組成的不可分割的有機系統，其組成部分包括某壹特定企業的各種類別、各種形式的檔案材料。確定壹個企業的檔案能否構成整個宗族，主要是研究其在行政、財務、組織人力資源上是否具有壹定的獨立性。也就是說，必須滿足以下條件:
(1)機構可以獨立行使職權，可以以自己的名義獨立寫作。
(2)組織是預算會議組織或獨立的經濟核算組織，可以自行編制預算或財務計劃。
(3)組織有人力資源管理機構或人員，並具有壹定的人力資源任免權。
有些備案機構並不完全符合這三個條件，其中最基本的是第壹個條件。因此，應以此為核心，從實際出發，具體問題具體分析，靈活辯證地運用其構成條件。
確定檔案屬於哪些全宗的關鍵是確定歸檔機構，即形成檔案全宗的企業或個人。需要明確的概念是，整個宗族的構成包括備案機構的各種形式和來源的檔案。對檔案制作者要有準確的認識，不能把檔案制作者等同於檔案作者。為此，首先要掌握整個宗族構成中檔案的基本類型。整個宗族的構成無非是內部文件、下發文件(存本、文稿)和接收文件三類。我們應該主要從這三個方面入手，找出它們各自的創造者。備案機構內部文件和發布文件的作者為文件創建者。只要查出文獻的作者，整個宗族就確定了。備案機構收到的文件的實際接收人是文件創建者，而不是文件作者。只要查出了信件的實際收件人，也就確定了它所屬的全宗。
第二，檔案在整個宗族中的分類
對企業而言，企業檔案分類是指按照企業檔案的內容、性質、形成規律和相互關系，遵循統壹的原則和要求，采用科學適用的方法，對企業檔案進行分類，使企業的全部檔案成為壹個系統的、從屬的、平行的存儲體系。分類是企業檔案整理的核心內容，是管理企業檔案的基本手段。包括選擇分類方法、制定分類方案、對檔案材料進行分類(文件分類)、整理案卷等具體內容。
具體來說，企業檔案的分類方法主要包括分類標準的選擇、分類標準的組合和分類等級的確定。
1.企業檔案分類標準的選擇
分類標準有時被直接稱為“分類方法”。由於企業檔案的復雜性，分類標準很多。
(1)職能分類標準，即企業檔案的分類是以檔案內容所反映的管理職能劃分為基礎的。它是《企業檔案分類原則》的重要內容，因此各類企業在檔案分類中對壹級類目的設置都適用功能分類標準。
(2)問題分類標準是根據檔案內容所反映問題的性質對企業檔案進行分類。有助於企業檔案的科學管理和企業檔案信息資源的開發利用。
(3)組織分類標準，即在企業內部設立的組織對企業檔案的類別進行分類。能夠客觀反映企業內部各機構工作活動的歷史面貌，保持企業內部同壹機構形成的檔案材料的完整性。
(4)年度分類標準，即按照文件形成或處理的時間階段對企業檔案進行分類。能反映企業管理的發展變化，易於掌握，易於操作。
(5)型號分類標準，即企業的產品檔案或設備檔案的類別是根據產品或設備的類型和型號進行分類的。可以集中同壹型號產品或設備的檔案材料，反映某型號產品或設備的全貌及其內部結構隸屬關系，便於按型號成套利用相關檔案。
(6)學科分類標準，即企業科研檔案的類別按照獨立的研究課題進行分類。它可以使同壹研究課題的檔案材料完整地匯集在壹起，全面系統地反映壹個研究課題的全部活動和歷史過程，便於按課題查找和利用相關檔案。
(7)工程項目分類標準，即企業基建檔案的類別按獨立基建項目分類。它能反映壹個項目的全貌，根據項目查找和使用相關文件很方便。
(8)專業性質分類標準，即根據檔案內容所涉及和反映的專業性質對企業檔案進行分類。從專業性質上方便企業查找和使用相關檔案。
(9)檔案形式分類標準，即根據企業檔案的形狀、名稱和生產載體進行分類。它集中了具有相同名稱、形式和載體的檔案材料。
2.企業檔案分類標準的組合
當企業檔案的分類有兩個或兩個以上的層次時，就需要使用分類標準的組合對檔案進行分類，但這些分類標準的應用是有先後順序的。當首先采用壹個分類標準時，那麽企業的檔案材料必然會首先按照這個標準集中。因此，企業檔案分類標準的組合，實際上就是解決用什麽分類標準來集中企業檔案材料，形成什麽樣的企業檔案分類體系，為企業檔案提供什麽樣的檢索途徑的問題。
企業檔案分類標準組合的具體方法如下:
(1)企業檔案壹級類別設置方法。壹級類別是企業檔案分類的第壹級。根據《工業企業檔案分類試行規則》，工業企業檔案分類有九個壹級類別:行政管理、業務管理、生產技術管理、產品、科學技術研究、基本建設、設備儀器、會計檔案、領導人員檔案。但這不是絕對的，企業可以根據實際情況做壹些調整。比如壹些超大型企業或者生產程序特殊的工業企業，比如冶金企業，可以根據各自檔案的特殊性，適當增加相關的壹級類目；而壹些規模較小的企業可以根據企業的性質、內容和檔案數量，減少或合並相關的壹級類別；對於壹些非生產性企業，如商業企業、金融企業等，也可根據其特殊情況增加相關壹類類別。
(2)企業檔案二級及以下類別的設置方法。企業檔案二級及以下類別的設置，與壹級類別壹樣，應以企業管理職能分工為依據。
3.確定企業檔案的密級
企業檔案的密級應根據企業的性質、檔案的種類和數量等諸多因素來確定，沒有絕對的模式。
(1)確定不同企業檔案分類級別的方法。規模較小的企業，由於管理簡單，工作內容不復雜，形成的檔案數量較少，因此在分類時，可以根據企業的實際需要，適當簡化分類層級，必要時只設置壹級。相反，在大型企業中，檔案的密級壹般是三級甚至四級。
(2)同壹企業內不同類別文件密級的確定方法。這種方法是由工作的性質和任務以及檔案的數量和規模決定的。比如商業企業，其管理檔案反映的是這類企業的基本職能，工作復雜，檔案數量多，可能需要分為三級或三級以上，而其設備檔案只是企業的輔助職能，所以兩級就夠了。
三、編制和保管單位(備案)
案卷是根據壹定的主題、內在特征和外在特征而編制的，是幾個密切相關的文件的組合。它不僅是檔案的存儲單位，也是檔案數量統計和壹般檢索的基本單位之壹，更是整個宗族的基本單位。目前，企業的文件歸檔工作是在文書部門和業務部門進行的，但檔案部門應對歸檔工作給予協助和指導。
四、文件整理
是指按照壹定的方法確定每壹類文件的順序和存儲位置，保持文件之間的聯系。有很多種安排方式:
(1)根據案卷中反映的工作聯系排列。
(2)根據案卷內容中反映的某些問題進行排列。
(3)顯示文件的開始和結束日期(時間)。
(4)根據文件作者、收發單位和文件內容涉及的地區。
(5)人事檔案、監督、信訪等。也可按姓氏筆畫、漢語拼音字母順序或四角數字排列。
前兩種方法是最常用的，也是最好的方法。以上方法可以單獨使用，但實際上經常組合使用。其中，第壹種、第二種、第四種常與重要程度結合使用。整個宗族內各類檔案的排列方式可以壹致，也可以不壹致。而壹個類中文件的排列只能由壹個方法在壹個層次上完成，然後依次與其他方法結合，不可能同時由幾個方法並行排列文件。在整理文件時，應區分不同類型和不同保存期限的所有情況。
五、文件目錄的編制
檔案目錄即檔案花名冊，是檔案的內容和組成部分的列表，並按壹定的順序排列。
建立檔案目錄的原則是必須按整個宗族編，每個宗族可以編壹本，也可以編幾個檔案目錄。所以檔案目錄基本上有兩種:全宗編制的綜合目錄；以全氏族各種類別為單位編纂的卷冊目錄。
根據其類別的特點，目錄的編制方法可分為以下幾類:
(1)按全宗文件的類別分類編制。
(2)根據儲存期。
(3)根據儲存期結合分類方案。這種方法可分為兩種形式:根據文件在整個氏族中的不同保存時期，編制壹個或幾個文件目錄；根據全宗案件的分類，分別編制壹個或幾個案卷目錄。
(4)根據文件的密級。
壹般來說，檔案目錄中的書籍數量和檔案數量不宜過多，檔案數量控制在1000以內為宜。