辦公室是蘭州海關的綜合協調部門，在主管關長領導下開展工作，下設秘書科、機要科、宣傳科、政研科和法規室。主要工作職責是：
壹、協助關領導協調本關各部門之間、本關與其他單位之間的工作。
二、負責草擬年度工作計劃、總結、綜合性請示、報告及領導講話稿；負責審核以蘭州海關名義上報下發的各類文稿。
三、負責指導、協調政務信息化的推廣、應用工作。負責政務信息網、紅機網、門戶網站的管理與應用。
四、負責推動重大業務改革的調研，提出貫徹海關法規和政策、規定的具體意見、措施，及時向領導提供決策方案和意見。
五、負責關務會、關長辦公會和綜合性工作會議的組織工作，並檢查、督促會議事項的貫徹執行。
六、負責本關文書處理、檔案管理和機要保密工作，指導各部門不斷提高公文質量和檔案管理水平。
七、管理蘭州海關行政印章，統壹審核刻制有蘭州海關字樣的業務印章。
八、負責編發信息，指導全關信息工作。
九、負責本關新聞報道，指導全關新聞宣傳工作。
十、督促、檢查各部門對會議精神、決議、領導批示、指示、文電要求等事項的貫徹執行情況。
十壹、負責本關口岸建設相關工作。
十二、負責幹部值班及節假日值班安排工作，並組織對值班工作的檢查落實。
十三、負責緊急突發事件的安排及處置工作。
十四、負責本關的業務整合工作。
十五、組織海關政策理論研究，指導全關開展政研工作。
十六、負責海關法規、報紙書刊的統計征訂和分發工作。
十七、負責處理、接待人民來信來訪，檢查、督促各部門的信訪工作。
十八、負責因公來訪人員的接待協調工作。
十九、負責統壹安排關領導和部門負責人參加社會公務活動，管理上繳的禮品。
二十、負責本關關務公開工作，指導全關關務公開工作。
二十壹、檢查海關法規貫徹執行情況，負責關區法制工作。
二十二、負責開具蘭州海關介紹信和對外聯絡工作。
二十三、負責本關外事工作。
二十四、完成領導交辦的其他事項。 審單技術處是蘭州海關審單業務和計算機信息技術的職能管理部門，在主管關長領導下開展工作，下設審單中心、技術科。主要工作職責是：
壹、負責按照有關規定和要求，組織開展電子審單、專業化集中審單和報關單的分類集中復核工作，管理和指導本關區各業務現場接單審核及稅費征收工作。
二、負責組織協調和監督指導與申報管理、審單作業、接單審核、出證管理等相關的規章制度的實施，組織研究或制定具體操作規程。
三、負責審單作業的通道管理及維護，組織開展對審單作業、現場接單審核和稅費征收工作的績效分析評估，並提出改進工作的意見和措施。
四、負責審單作業、現場接單審核和稅費征收過程中疑難問題專業認定以及職能部門監控聯系事項的集中提交、分發處理與反饋管理，並根據職能部門的專業認定決定進行處置。
五、負責開展審單作業過程中的風險分析及審單作業流程、報關單數據的監控分析，並按照規定要求提出處置意見。
六、負責審單作業中刪改單、滯報金減免、非政策性退稅、補稅及擔保等特殊事務的管理和咨詢。
七、負責參與涉及H2000審單作業系統的修改、測試、運行維護及崗位授權維護、審單參數、全局變量表的維護和應急處理。
八、負責有關行政許可審批事項。
九、研究制定並實施本關區科技發展規劃和年度工作計劃及技術管理規章制度。
十、負責總署配發的信息化管理系統、跨部門聯網項目的運行管理、技術保障和安全管理工作。
十壹、負責關區計算機系統及內、外部網絡和通信系統建設及日常運行管理。
十二、負責關區內科技開發項目的立項、論證、開發和應用管理工作，並負責技術工程的論證和實施。
十三、負責關區科技經費的申請及使用管理。
十四、組織關區技術交流和培訓等工作。
十五、承擔中國電子口岸數據中心蘭州分中心的工作。
十六、完成領導交辦的其他事項。 綜合業務處是蘭州海關綜合業務的職能管理部門，在主管關長的領導下開展工作，下設監管科、關稅科、統計科。主要工作職責是：
壹、負責通關、監管、關稅、統計的職能管理工作，規劃、組織、實施相關業務的作業流程、管理制度及作業規程，並對執行情況進行檢查、監督和評估。
二、負責通關、監管、關稅、統計職能工作的對外協調，計劃、組織和實施相關業務範圍內的業務、統計、稅政調研。
三、負責與口岸、政府相關部門和總署相關司局的業務協調工作；負責關區內各有關業務部門、業務環節之間的業務協調工作。
四、負責職能管理業務改革項目的計劃、推廣、系統更新、教育培訓、參數設置、授權維護、運行測試、問題處置、評估總結等各項工作。
五、處理通關、監管、關稅、統計各環節提出的業務疑難問題。
六、負責H2000和相關業務職能管理系統的授權、維護、運行管理和評估工作。
七、負責對外提供業務咨詢服務，負責相關業務培訓工作。
八、負責蘭州海關綜合治稅辦公室的日常工作，組織實施本關區年度稅收計劃，對本關區稅收征管工作進行檢查、監督、評估和稅源分析。
九、負責特定減免稅備案、審批、後續管理工作。
十、開展進出口貿易統計分析和海關業務統計分析，對本關和區海關業務管理運行情況進行動態分析。
十壹、負責關區統計數據質量的職能管理，研究提出統計數據質量檢控參數，監督執行統計數據審核、查詢、更正的操作規範，監督、檢查和考核本關區各有關業務部門和業務環節的統計數據質量。
十二、辦理各類運輸企業及運輸工具、海關監管場所審批、年審等工作。
十三、負責關區內加工貿易監管工作情況進行檢查、監督和評估。
十四、組織非口岸地設立海關監管點的前期調研、審核和驗收工作；組織對各類海關監管場所進行前期審核和驗收。
十五、負責有關行政許可審批事項。
十六、做好有關業務檔案管理工作
十七、完成領導交辦的其他事項。 人事教育處是蘭州海關政治思想工作、人事、教培、黨、工、團、婦的職能管理部門，在主管關長領導下開展工作，下設政工科、人事教育科。主要工作職責是：
壹、貫徹執行國家、總署和地方人事、工資政策，制定本關區實施細則和管理辦法，並組織實施。
二、負責機構設置、人員編制和幹部管理，工作人員的錄用、考核、獎懲、任免、交流、回避、辭職、辭退、退休、工資、關銜、休假、考勤、勞動保護、出國審批、人事爭議的復議以及遺屬、離退休的管理。
三、負責制定教育培訓計劃，指導、協調、組織開展關區的教育培訓工作。
四、貫徹落實國家、地方和總署幹部隊伍政治思想工作方針政策，研究制定本關區政治思想工作規劃。
五、負責準軍事化建設、基層建設、文化建設、綜合治理、精神文明建設工作。
六、根據關黨組的部署，草擬關內機構改革、設置，人員配置、交流等初步方案。
七、根據關黨組的部署，提出幹部競爭上崗、任免、晉升、調整的初步意見，組織實施對後備幹部的選拔和培養。
八、負責新入關人員的錄用、培訓、考核並提出分配意見，協助海關院校招生和安排實習。
九、負責基層建設和目標管理工作。
十、負責機關黨委、工會、***青團、婦女的相關工作。
十壹、負責黨組中心組的學習安排和組織管理。
十二、負責與地方黨委及相關部門的聯系。
十三、依照職責權限，負責行政執法責任追究的具體工作。
十四、負責報關員資格考試行政許可事項的審批。
十五、完成領導交辦的其他事項。 財務裝備處是蘭州海關財務、經費、固定資產的職能管理部門，在主管關長領導下開展工作，主要工作職責是：
壹、貫徹執行國家、總署和地方財會政策和法規，制定本關區實施細則和管理辦法，並組織實施。
二、審核、編報全關各項經費年度預算、追加預算和用款計劃，向上級申領各項資金。
三、按照有關制度規定，做好報帳、算帳、記帳、對帳、結帳、清帳等會計核算工作，並及時準確編報月度、季度和年度會計報表。
四、負責調配資金，保障全關正常資金供給，對本關財務收支重大問題提出合理化建議。
五、按有關制度規定，辦理資金結算和管理銀行帳戶、現金及各種有價證券。
六、負責建立財務單證收據和帳、表、憑證、資料等各種會計檔案。
七、定期檢查、分析各項經費預算執行情況和各種應繳款項收繳情況，考核、檢查資金使用效益，並進行反饋和通報。
八、按總署會計制度規定，以及《海關固定資產管理辦法》管理資產，對全關的財產物資的審核、調撥、報核、報廢、變賣等管理工作，定期進行清查盤點，確保帳帳相符、帳物相符，保證國有資產的完整。
九、維護財經紀律和財務制度，稽查復核全關各項財務收支，組織開展年度財稅大檢查工作。
十、負責關區財會業務的培訓工作。
十壹、完成領導交辦的其他事項。 監察審計室是我關紀檢、監察、審計工作的職能管理部門，在關黨組、黨組紀檢組的領導下開展工作，主要工作職責是：
壹、貫徹執行紀檢、監察的法律法規，擬定廉政建設工作方案和督察審計工作計劃。
二、研究制定關區審計工作計劃，提出具體實施方案，監督、指導關區審計工作。負責對本關行政執法和財務收支活動的內部審計和專項內部審計。
三、對監察對象貫徹國家法令、政令、海關法規的情況進行檢查，監督、檢查監察對象依法行使職權。
四、保障和維護關區監察對象的合法權益，受理監察對象不服紀律處分的申訴、復審和復核。
五、負責將監察對象的違法案件移交地方司法部門。
六、依法受理對監察對象的來信、來訪、檢舉、控告，調查監察對象違反黨紀、政紀的行為，並提出處理意見。
七、組織開展關區廉政、執紀情況的調查研究工作，向關黨組提出意見、建議。
八、組織開展關區黨風廉政教育。
九、按幹部管理權限，對管理幹部的任免、獎懲提出監察建議。
十、負責海關經費、預算外資金、查私辦案費、稅費征管、罰沒收入、基建經費、各類財務收支的審計工作。
十壹、負責建立健全本關內部控制制度，並有效進行監督檢查及作出評估。
十二、依照職責權限，負責行政執法責任追究的具體工作。
十三、負責聯系、組織、協調接受外部審計事宜，向上級督察審計部門報告外部審計情況，組織本關落實執行審計署的審計決定。
十四、負責與地方紀檢、監察和公、檢、法等部門的協調和溝通工作。
十五、完成領導交辦的其他事項。 稽查處是蘭州海關稽查、風險管理、企業管理工作的職能管理部門，在主管關長領導下開展工作，下設稽查科、風險管理科、企業管理科。其主要工作職責是：
壹、根據相關法律、法規和海關總署的要求，制定關區稽查、風險管理、企業管理等業務操作規範和工作計劃，並組織實施。
二、負責本關稽查綜合職能管理工作，指導、組織、協調、本關及隸屬海關稽查工作。
三、收集、整理、分析風險信息與數據，組織、實施本關常規稽查、專項稽查和驗證式稽查。
四、組織、管理、協調、實施關區貿易調查工作。
五、組織實施關區報關單位的管理工作。負責對關區報關單位進行資格審查、註冊登記、變更、註銷等管理工作，並負責頒發註冊證書、年檢、報關備案、報關權布控及日常監督管理等項工作，以及關區臨時進出口貨物單位的臨時註冊登記工作。
六、負責關區報關員註冊、變更、註銷、吊銷等管理工作，制發報關員證件、年檢、報關備案、報關權布控、報關員記分管理、檔案管理、業務培訓。
七、承擔蘭州海關企業分類委員會的日常工作，組織實施對關區企業的分類管理，規範企業進出口行為，負責建立、維護關區企管數據庫，對企業實行分類信用管理，受理企業分類工作中的申訴。
八、承擔蘭州海關風險分析監控中心的組織運作和管理考核工作，組織開展風險信息的采集、分析、評估和發布工作，研究推廣風險管理技術及應用系統，對風險管理平臺的業務培訓及應用推介實施管理。
九、圍繞關區的重點企業和重點商品組織開展綜合性風險分析，提出風險防控項目，並組織實施。
十、指導、監督和評估本部門和業務現場、隸屬海關風險布控工作。
十壹、負責關區JC2005系統的日常管理工作，提供稽查、企業管理業務報表、數據和信息。
十二、負責有關行政許可審批事項。
十三、完成領導交辦的其他事項。 現場業務處是蘭州海關通關管理、物流監控、稅費征收、加工貿易監管、旅檢等工作的管理部門，在主管關長的領導下開展工作，下設通關科、加工貿易科、查驗科及下屬的空港物流中心監管組、天水監管組，主要工作職責是：
壹、接受申報、征稅、查驗、放行、加工貿易監管等業務。
二、負責關區通關管理、區域通關、轉關運輸、稅收征管、加工貿易監管、旅檢、物流監控等項工作，並組織進行檢查監督和評估。
三、負責關稅和其他稅費征收、稅費核註工作。
四、負責出口退稅和進出口收付匯等進出口報關單的簽發工作。
五、負責本關區進出境運輸工具、貨物、行李物品和其他物品及進出境人員的監管和驗放。
六、負責對海關監管場所、監管車輛進行實際監控。
七、負責非貿易物品監管工作及對留學回國人員購買免稅國產小汽車的審批驗放工作。
八、加工貿易合同備案、核查、核銷等監管工作。
九、報送月度統計報表。
十、負責有關行政許可審批事項。
十壹、提供有關業務咨詢服務。
十二、完成領導交辦的其他事項。 機關服務中心是蘭州海關後勤服務保障工作的職能管理部門，在主管關長領導下開展工作，下設綜合服務科、物業管理科、車隊。其工作範圍壹般包括服裝管理、車輛管理、物品采購、倉庫管理、綜合服務、機關食堂、招待所管理、辦公用品管理、物業管理和聘用工管理等，主要工作職責是：
壹、負責制定聘用工各種管理制度並組織實施。
二、負責勞動用品的購買和各種制服的發放工作。
三、負責職工住宿安排、膳食供應及生活區防疫工作。
四、負責車輛管理、調配、調度，確保各部門用車需要和行車安全。
五、負責辦公樓、家屬院的清潔，水、電、暖的保障等物業管理工作。
六、負責關區接待工作。
七、完成領導交辦的其他事項。 海關緝私警察隊伍實行海關、公安雙重垂直領導，以海關為主的管理體制，緝私警察編制統壹納入公安編制序列。蘭州海關緝私局列入甘肅省公安廳機構序列，機構名稱為：甘肅省公安廳走私犯罪偵查局。下設辦公室、法制處、政治處、偵查處、查私處五個處級機構和情報技術科壹個科級機構。主要工作職責是：
壹、在蘭州海關所轄區域內，依法查緝涉稅走私犯罪案件，依法查處走私、違規等行政違法案件。
二、負責查處發生在海關監管區內的走私武器、彈藥、核材料、毒品、制毒物品、偽造的貨幣、淫穢物品、文物、珍稀動植物及制品、廢物等非涉稅走私犯罪案件。
三、對走私犯罪案件和走私犯罪嫌疑人依法進行偵查、拘留、執行逮捕和預審工作，對偵查終結的走私犯罪案件移送檢察機關審查起訴。
四、對不構成走私犯罪的走私行為，構成走私犯罪但依法不追究刑事責任的走私行為，以及違反海關監管規定的行為依法進行調查、審理和行政處罰。
五、在地方公安機關的配合下，負責制止在查辦走私犯罪案件過程中發生的以暴力、威脅方法抗拒緝私和危害緝私人員人身安全的違法犯罪行為，對抗拒、阻礙緝私警察依法執行公務的，依法給予處罰，對構成犯罪的，移交地方公安機關處理。
六、開展打擊走私違法犯罪活動的執法合作，接受和辦理海關其它業務部門、地方公安機關（包括公安邊防部門）、工商、煙草等行政執法部門查獲移交的走私犯罪案件和走私、違規等行政違法案件。
七、開展緝私情報工作，負責受理走私、違規案件線索的舉報和查處工作。
八、依法受理、查辦與走私犯罪案件有關的申訴，辦理國家賠償和治安處罰案件的行政應訴。
九、根據有關法律法規的規定，在查辦走私違法違規行政案件時，可行使檢查權、查問調查權、扣留權、查詢存款匯款權、連續追緝權、行政處罰權、責令改正權；在履行職務過程中，可以依法使用警械、武器。
十、負責反走私社會綜合治理工作以及反走私形勢分析。
十壹、負責關區走私、違規案件的統計、綜合分析。
十二、承辦上級交辦的重大走私案件和其他事項。
十三、完成領導交辦的其他事項。