如果排除不屬於進貨明細申報數據錄入錯誤，可填寫《出口企業信息查詢申請表》?將缺失對應憑證管理部門電子信息或憑證的內容與電子信息不符的數據和原始憑證報送至主管稅務機關，由主管稅務機關協助查找相關信息。主管稅務機關如果查詢電子數據傳輸系統有電子信息?可由主管稅務機關通過出口退稅審核系統運維上報市局、省局運維處理，來幫助企業查詢讀入增值稅專用發票交叉稽核信息。
如果在出口退（免）說期截止之日前還缺少相應電子信息如何處理？
如果在退（免）稅申報期截止之日前（即出口之日的次年4月份增值稅納稅申報期前，壹般是次年4月15日前，遇節假日順延），仍然沒有出口報關單信息和增值稅專用發票交叉稽核信息，根據《國家稅務總局關於調整出口退（免）稅申報辦法的公告》（國家稅務總局公告2013年第61號）第4條規定，可以向主管稅務機關報送以下資料：
（1）《出口退（免）稅憑證無相關電子信息申報表》及其電子數據；
（2）退（免）稅申報憑證及資料。
經主管稅務機關核實，企業報送的退（免）稅憑證資料齊全，且《出口退（免）稅憑證無相關電子信息申報表》及其電子數據與憑證內容壹致的，企業退（免）稅正式申報時間不受退（免）稅申報期截止之日限制。未按上述規定在退（免）稅申報期截止之日前向主管稅務機關報送退（免）稅憑證資料的，企業在退（免）稅申報期限截止之日後不得進行退（免）稅申報，應按規定進行免稅申報或納稅申報。