1、確定登記機關：根據民辦非企業單位的性質和經營範圍，確定相應的登記機關；民政部門是主要的登記機關，但對於特定類型如民辦學校，則需向教育部門申請；
2、提交申請材料：準備並提交相關的申請材料，包括單位章程、負責人的資格證明、場地證明等；
3、等待審核：登記機關將對提交的材料進行審核，確保符合相關法律法規的要求；
4、領取證書：審核通過後，領取《民辦非企業單位（法人）登記證書》。
民辦非企業單位的設立與管理：
1、設立條件：需滿足法律、法規規定的設立條件，包括申請人資格、章程、資金來源等；
2、主管單位：需確定壹個與民辦非企業單位宗旨相適應的機關或社會團體作為主管單位；
3、名稱預先核準：向民政部門申請名稱預先核準，確保名稱符合規定，不與他人重名；
4、提交材料：準備包括章程、設立申請書、主管單位意見等在內的相關材料提交給審批機關；
5、審批流程：由民政部門進行審查，包括對申請材料的合法性、合規性進行審核；
6、頒發證書：審批通過後，民政部門將頒發民辦非企業單位登記證書；
7、後續管理：民辦非企業單位成立後，需按照相關法律法規進行年檢、信息公開等後續管理工作。
綜上所述，申請民辦非企業登記證書需先確定登記機關，通常為民政部門，特定類型如民辦學校則向教育部門申請；隨後提交包括單位章程、負責人資格及場地證明等材料；經登記機關審核合規後，即可領取《民辦非企業單位（法人）登記證書》。
法律依據：
《民辦非企業單位登記暫行辦法》
第六條
申請民辦非企業單位成立登記，舉辦者應當提交條例第九條規定的文件。民辦非企業單位的登記申請書應當包括：舉辦者單位名稱或申請人姓名；擬任法定代表人或單位負責人的基本情況；住所情況；開辦資金情況；申請登記理由等。業務主管單位的批準文件，應當包括對舉辦者章程草案、資金情況（特別是資產的非國有性）、擬任法定代表人或單位負責人基本情況、從業人員資格、場所設備、組織機構等內容的審查結論。民辦非企業單位的活動場所須有產權證明或壹年期以上的使用權證明。民辦非企業單位的驗資報告應由會計師事務所或其他有驗資資格的機構出具。擬任法定代表人或單位負責人的基本情況應當包括姓名、性別、民族、年齡、目前人事關系所在單位、有否受到剝奪政治權利的刑事處罰、個人簡歷等。擬任法定代表人或單位負責人的身份證明為身份證的復印件，登記管理機關認為必要時可驗證身份證原件。對合夥制的民辦非企業單位，擬任單位負責人指所有合夥人。民辦非企業單位的章程草案應當符合條例第十條的規定。合夥制的民辦非企業單位的章程可為其合夥協議，合夥協議應當包括條例第十條第壹、二、三、五、六、七、八項的內容。民辦非企業單位須在其章程草案或合夥協議中載明該單位的盈利不得分配，解體時財產不得私分。