2003年，閩江流域達到和優於Ⅲ類水質的比例為85.5%，比2002年下降了8個百分點。2004年達到和優於Ⅲ類水質的比例為83%（水環境功能達標率為84.3%，下同），比2003年下降了2.5個百分點，其中沙溪、富屯溪、建溪、幹流南平段、幹流福州段Ⅲ類水質達標率分別為61.5%（61.5%）、81.3%（91.7%）、96.4%（96.4%）、85.7%（76.2%）、90.3%（94.4%），主要超標項目為氨氮、五日生化需氧量（BOD5）、溶解氧，沙溪汙染最為嚴重。閩江流域近10年Ⅰ—Ⅲ類水質比例變化情況見圖1，2004年各類水質的比例見圖2.
流域的主要環境問題有以下幾個方面：
1．農業面源汙染突出，畜禽養殖業已成為主要汙染源
畜禽養殖業快速發展，造成部分河段嚴重汙染，已成為流域主要汙染源。據統計測算，2003年閩江流域畜禽養殖業COD（化學需氧量）排放量占流域工業、生活、畜禽廢（汙）水中COD排放總量的62.5%，氨氮占63.0%.
局部河段網箱養殖過密，也對水體造成汙染。據統計，2003年福州、三明、南平市內陸水產養殖產量達23.11萬噸，養殖面積達3.88萬公頃。養殖生物代謝產物、殘餌、清塘和消毒用的農藥、防治水產生物病害的藥物等汙染物進入水體，使局部河段水質下降。
大量施用的化肥、農藥造成面源汙染。據統計測算，2003年閩江流域福州、三明、南平市***施用氮肥（折純）16.49萬噸、磷肥（折純）5.67萬噸，使用農藥2.13萬噸，其中大約有20%的氮肥和10%的磷肥流失，隨地表徑流匯入水體造成面源汙染。
2．環保基礎設施建設滯後，生活汙染仍較嚴重
生活汙染負荷已超過工業汙染負荷。2003年，全流域城鎮生活汙水排放量為2.77億噸，與工業汙水排放量的比例由2000年的0.86：1提高到1.1：1，COD、氨氮排放量與工業排放量的比例分別達到2.5：1、3.4：1.
生活汙水處理能力不足。盡管福州、三明、南平3市已建成10個汙水處理廠，設計處理能力54.5萬噸/日，但由於管網不配套，汙水收集率低，目前實際處理量僅35.5萬噸/日，汙水處理率僅為35.9%，且汙水處理廠未能穩定達標排放，造成了二次汙染。
生活垃圾無害化處理率較低。垃圾未經處理隨意傾倒、堆放現象還比較普遍。已建成的各城市生活垃圾處理場的滲濾液均存在超標現象。鄉鎮垃圾無害化處理試點未達到預期效果。
3．工業結構性汙染尚未從根本上解決，壹些企業汙染反彈
工業結構與布局的不合理是造成流域局部河段水環境惡化的重要因素。沙溪河段是閩江流域工業最為集中的區域，沿途汙染源密集，接納大量畜禽養殖、生活和工業廢水，成為流域內汙染最嚴重的河段。
工業發展使汙染物排放總量增加。閩江流域是我省工業相對集中且發展較快的地區，2003年流域工業企業COD排放量占全省的48.2%，氨氮排放量占49.8%.由於流域產業結構調整的總體進展滯後於水汙染防治的需要，其結構性汙染問題尚未從根本上解決，個別地方還有加劇的趨勢。
壹些企業出現汙染反彈。由於工藝設備比較落後，技術水平較低，壹些企業汙染治理設施未能正常穩定運行，汙染物不能穩定達標排放。雖然連續四年開展嚴查環境違法行為專項行動，嚴肅查處了壹批違法排汙企業，但仍有壹些企業存在擅自停運治理設施、私設暗管、偷排漏排的違法現象。突發性汙染事故時有發生，危及流域水環境安全。
4．不合理的水電梯級開發改變流域自然屬性，對生態環境的影響日益凸顯
據統計，閩江流域大中型水電站達29座，還有大量無序開發的小水電站。過度和不合理的水電開發使自然急流變為人工平湖，河流流速變緩，自凈能力降低，汙染物淤積，水質變差，庫區富營養化程度加劇，水葫蘆大量滋生。大部分水電站沒有按要求保證必要的最小下泄流量，下遊生態環境用水得不到保障，破壞了正常的水生生態系統。
2003年以來，受歷史罕見的持續幹旱少雨的影響，流域降雨量比常年減少了40%左右，客觀上造成閩江流域水量明顯減少和水體凈化能力下降。由於對流域水資源和各級電站缺乏統壹的調配管理，各級電站對河水的長時間攔蓄作用，加劇河流水量不合理的時程分布，個別電站壩下河段甚至出現長時間的斷流，使河流水質進壹步惡化。
5．局部地區生態破壞，造成了水土流失和河道淤積
流域森林覆蓋率雖較高，但森林結構不盡合理，生態功能的發揮受到制約。降水時空分布不均，容易產生旱澇、水土流失和地質災害。礦產開發、基本建設和工程施工，造成不同程度的植被破壞和水土流失。壹些地方管理薄弱，生活垃圾、建築垃圾隨意傾倒，造成河道淤積，也汙染了水環境。
“綠色惡魔”危害江河
提起水葫蘆，人們並不陌生。這種生長於河流、湖泊等水流緩慢水域的多年生浮水草本植物，原產於南美洲。20世紀60年代，我國引進用作豬的飼料。隨著飼料工業的發展和生豬餵養方式的改變，水葫蘆逐漸失去利用價值而無人采收。於是，水葫蘆在我國南方許多地方大量滋生蔓延，成為破壞生態環境的壹大災害，被列為世界十大害草之壹。