國內企業， 特別是連鎖企業物流配送存在的問題在於存在多渠道的配送模式， 統壹配送效率低和采購成本居高不下， 國內大部分連鎖企業多采用自營配送卻沒有實現完善的配送作業， 物流配送的標準化水平低。連鎖企業物流配送中存在的問題在於未能實現集中采購和進貨，未能實現統壹的存貨和庫存管理，標準化程度低，計算機信息系統建設滯後。
由於缺乏對選址決策重要性的認識， 只簡單地考慮倉儲租金，很少結合配送成本、配送效率和服務質量來分析使得配送中心選址不科學，由於沒有合適的裝卸平臺、足夠的車輛和設備以及技術而使得配送中心建設不規範。連鎖企業物流配送存在的問題在於經營管理理念的不合理，配送中心發展不合理， 配送中心機械化不高，配送的比率不合理。
對於物流配送至關重要的配送中心來說，除了上述的壹些問題外，還存在以下的問題：配送中心基礎設施薄弱，利用率低，物流服務質量不高，配送中心人員的素質不高，缺乏現代物流的壹些思想和意識。物流配送管理體制和機制存在障礙， 政府的各職能部門以及企業的各部門之間對現代物流認識不足和缺乏統壹的戰略思想。而物流以及配送基礎設施呈現“瓶頸”現象，我國物流總體水平落後， 存在物流配送技術和物流綜合協調能力的約束。