辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔機關財務、國有資產、信息、綜治、安全、保密、信訪、政務公開等工作。負責推進、指導、協調、監督本部門、本系統的政府信息公開工作。
綜合處
研究提出有關的收入分配政策和改革方案；管理住房改革預算資金；會同有關方面擬訂土地、礦產等國有資源收入政策，管理土地及礦產等國有資源收支；負責城市維護資金的財務管理，具體分管建口部門預算內外資金和專項資金；承擔彩票管理的有關工作；承擔清理規範公務員津貼補貼的具體工作。
條法稅政處
組織起草全市財政、稅收等地方性法規規章草案；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關行政復議和行政訴訟工作。
預算處
分析預測宏觀經濟形勢並提出宏觀調控政策建議；研究提出財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；編制年度市本級決算草案和辦理預算追加事宜；承擔市本級部門預算審核、調整工作；承擔市本級部門支出標準體系建設及項目庫管理工作；承擔市對縣（區）轉移支付工作，匯總年度全市財政預算。
國庫處
組織預算執行及分析預測，組織實施總預算會計、行政單位會計及政府會計制度；組織實施國庫管理制度、國庫集中收付制度；管理財政和預算單位賬戶、財政決算及總會計核算；承擔國庫現金管理的有關工作。
行政政法處
承擔行政、政法等方面的部門預算有關工作；擬訂行政性經費的財務管理制度；負責行政事業單位和社會團體的非貿易外匯管理。
教科文處
承擔教育、科技、文化等方面的部門預算有關工作；擬訂事業單位通用的財務管理制度，擬訂新聞、出版和電影行業的財務制度；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作；承擔市本級國有文化企業財務管理的有關工作。
經濟建設處
承擔發展和改革、公路、交通、糧食、供銷等方面的部門預算有關工作；參與擬訂市本級建設投資的有關政策；擬訂基本建設財務管理制度；承擔有關政策性補貼和專項儲備資金財政管理工作；承擔財政投資評審管理工作。
農業處
承擔農業、林業、水利等方面的部門預算有關工作；擬訂財政支農資金管理辦法和有關行業事業、企業財務管理制度；管理支農專項資金，管理政策性農業和扶貧專項貸款貼息，統籌安排財政扶貧移民資金。
社會保障處
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生等方面的部門預算有關工作；會同有關方面管理全市財政社會保障和就業及醫療衛生支出；會同有關方面擬訂有關資金（基金）財務管理制度，承擔社保基金財政監管工作；編制社會保障預決算草案，審核全市社會保險基金預決算草案。
企業處
承擔工業和信息、商貿、國資、環保、安全生產等方面的部門預算有關工作；研究提出支持企業改革和發展的財政政策；承擔國有資本經營預算的有關工作；組織實施企業財務管理的各項制度；按規定管理扶持企業發展資金、重大科技專項資金及環保專項等資金；承擔有關資產評估管理工作；承擔行政事業單位國有資產管理的有關工作。
鄉鎮財政管理處
指導全市鄉鎮財政工作；研究擬訂鄉鎮財政管理的有關制度和辦法；負責全市鄉財縣代管工作；參與財政涉農資金監管，組織財政補貼資金發放。
外經處
參與研究全市利用國際金融組織和外國政府貸款的有關政策和財務規章；承擔世行、亞行等國際金融組織和外國政府在南昌貸（贈）款、擔保和聯合融資的對外談判、轉貸（贈）、償還工作；監督和管理貸款資金和國內配套資金的使用。
會計處
組織實施國家統壹的會計準則制度、內部控制規範、註冊會計師行業規章制度；管理會計從業資格；按規定承擔會計專業技術資格管理工作；承擔指導和監督註冊會計師、會計師事務所業務的工作；組織實施會計信息化標準。
非稅收入征收管理處
擬訂非稅收入征收管理制度和辦法；組織市本級非稅收入的征收，指導全市非稅收入征收管理；負責非稅收入票據管理，負責非稅收入的統計分析和監督檢查。
財政監督局
擬訂財政監督檢查的政策和制度；負責監督全市財政系統在預算編制和執行過程中執行財政法規、政策和制度的情況；承擔監督檢查會計信息質量和註冊會計師行業執業質量的有關工作，依法查處違法違規行為；檢查反映財政收支管理中的重大問題；提出加強財政管理的政策建議；監督檢查局內及下屬事業單位財務收支管理情況；指導全市財政監督業務工作。
行政審批服務處
負責全市會計從業資格、會計代理記賬機構執業資格及外商投資企業財政登記證等審批工作。
人事教育處
承擔局機關及直屬單位的人事管理、機構編制工作；擬訂財政系統教育培訓規劃；負責局機關及直屬單位計劃生育工作；負責局機關及直屬單位離退休老幹部工作。
政府采購辦
擬訂政府采購的地方性法規規章草案，制定市本級政府采購目錄和公開招標采購範圍的限額標準，負責政府采購事務的協調管理、檢查監督和投訴受理。
機關黨委
負責機關和下屬單位的黨群工作。
紀檢組（監察室）
為市紀委（市監察局）的派駐機構。
金融處
承擔金融方面的部門預算有關工作，擬定金融類企業財務管理制度、政策性出口信用保險有關政策，按規定管理政策性金融業務。