在南海漁業資源調查研究領域，主要開展漁業生態系統與漁業管理、漁業資源監測與評價、漁業資源增殖與海洋牧場、水生野生動物保護等方面的研究。
在健康養殖領域，立足國內外水產養殖學科發展前沿，綜合應用相關學科高新技術，主要開展綜合生態養殖技術和無公害養殖技術、有益於微生物改善生態環境的養殖技術、魚、蝦、貝、藻多元生態養殖技術的應用基礎和技術研究。
在水產種質資源和遺傳育種研究領域，主要開展熱帶海洋生物遺傳多樣性分析、重要熱帶海水養殖品種的種質評價和遺傳育種研究。系統分析了中國近海鯛科魚類的遺傳多樣性水平和種質狀況。斑節對蝦和合浦珠母貝遺傳育種取得突破性進展，獲得多個新品系。
在生物技術領域，主要開展魚、蝦、貝、藻類的基因克隆、功能基因組學、轉基因和生物工程育種研究。
在水產疾病防治領域，主要開展海洋魚類細菌性疾病與免疫、海洋貝類病原病理學與防控、對蝦免疫與疾病防控等方面的研究。
在水產品加工和綜合利用領域，主要開展水產品深加工和貯藏研究，重點研發水產品深加工產品、水產保健食品、水產美容食品和高附加值生物制品。
在水產品質量安全控制領域，主要開展水產品安全基礎研究、水產品質量風險評估、質量安全監測技術和標準化技術研究。水產品中有毒有害物質的積累、代謝和降解技術研究，水產品質量風險評估，安全限量研究，質量安全控制技術，質量安全保障體系研究，水產品質量標準制定(修訂)。
在漁業裝備與工程技術領域，主要開展設施漁業裝備技術、海洋牧場工程技術、海洋漁業捕撈技術和漁具捕撈方法研究，建立新技術生產工藝、企業標準和負責任的海洋漁業技術體系。
在漁業信息技術領域，主要開展漁業科學數據共享平臺建設、漁業經濟發展戰略和漁業信息服務等方面的研究，為漁業宏觀管理決策和漁業信息綜合服務提供系統的技術支撐。