協助局領導組織協調黨務、政務工作；制定局年度工作計劃、總結和規章制度並監督實施；負責會議組織、文電處理、政務信息、檔案管理、安全保密等工作；承辦全國人大代表建議、CPPCC提案和領導批件；負責信訪工作；負責局機關的行政事務和局機關系統的固定資產管理；組織協調創建國家環境保護模範城市，負責城市環境綜合整治量化考核，參與“創建健康”工作；率先實行市、區、縣長目標責任制；負責市環境保護委員會辦公室的日常工作；負責全市環保系統信息網絡的建設、維護和管理。負責全市環境保護的宣傳教育；組織社會各界廣泛開展環境保護宣傳活動；協調環境新聞報道；會同有關部門開展環境教育和培訓；建立和完善公眾參與環境保護的激勵機制，促進公眾和非政府組織參與環境保護；負責環境保護的社會認可和國際環境獎的評選。
人事處
負責局系統黨的組織建設、思想作風建設和基層領導班子建設，協助管理區縣環保局領導班子成員，指導全市環保系統幹部隊伍建設；負責局直屬單位的機構編制和人事管理；負責全市環保系統幹部培訓和繼續教育；負責局機關及直屬單位出國(境)人員的審核；組織全市環境保護行政表彰和先進工作評比；負責局機關離退休幹部的服務管理工作；指導區縣環保局行政管理體制的改革和規範。
化工園區分局
南京市環保局化工園區分局是市環保局的派出機構，受市環保局委托，代表市環保局履行環境保護監督管理和行政執法職能。
1.貫徹國家、省、市有關環境保護的法律、法規、方針、政策，協調化工園區(或環境管理區)經濟發展與環境保護的關系，保證化工園區發展中環境與經濟建設的協調發展，防止環境汙染和生態破壞。
2、在全市環境保護規劃的指導下，組織編制和實施化工園區汙染防治規劃，參與制定化工園區總體發展規劃和區域發展規劃。
3、監督管理化工園區水、土壤、空氣、噪聲、固體廢物和有毒有害化學品汙染防治工作。
4.負責公園的生態保護。
5.負責園區內新建、改擴建項目的環境管理，負責限額內建設項目的環境預審、環境影響評價、“三同時”管理和環境驗收；參與省、國家批準項目的環境影響報告書審查和“三同時”驗收。
6.監督園區排汙單位執行國家、省、市環境保護法律法規和方針政策，組織實施排汙許可證、汙染源限期治理、行政執行等環境管理制度，確保園區排汙單位達標排放。
7.對園區內排汙單位和建設項目執行環境保護法律、法規和制度情況，以及汙染源排汙情況進行現場監督監測，調查處理環境汙染事故和生態破壞事件；負責園區內排汙單位排汙費的征收；調查處理園區環境汙染舉報和投訴、控告及汙染糾紛。
8、結合城市生產力布局調整，做好化工和醫藥企業搬遷建設過程中的環境管理工作。
9.組織制定和實施預警機制和應急預案，確保環境安全，防範環境風險。
固體廢物管理辦公室(核與輻射監督管理辦公室)
負責全市工礦企業固體廢物汙染環境保護工作的監督管理；建立全市固體廢物申報登記檔案；處理廢棄危險化學品造成的危險廢物和汙染事故；制定全市危險廢物和廢棄危險化學品汙染事故處置應急預案，編制應急手冊。依法對全市核與輻射安全實施統壹監督管理；負責對全市輻射設施實施排汙申報登記，並發放排汙許可證；負責全市放射源事故的調查、處理和定性分級；組織建設和管理全市核與輻射安全監測網絡。
監督辦公室
組織全市環境監測和環境行政檢查，負責起草全市環境監測工作規劃、年度計劃和相關制度；組織有關單位和部門對全市建設項目和排汙單位執行環境法律、法規和制度的情況，以及汙染源的排汙情況進行現場監督檢查；調查處理環境汙染事故和生態破壞事件，協調區域性環境汙染糾紛；組織全市排汙費征收工作，負責市直單位排汙費的征收和繳納；組織協調“環保110”聯動，負責環境違法和施工噪聲的統壹管理，調查處理全市直接受理的環境汙染舉報和投訴、檢舉、汙染糾紛；負責汙染源遠程監控技術的推廣和監管；指導和協調全市環境監測機構的標準化建設。
政策法規司
組織起草地方環境保護法規；組織研究全市重大環境問題；組織重大經濟技術政策、發展規劃和重大經濟發展計劃的環境影響評價；負責環境行政處罰、行政復議和行政訴訟；負責落實環境保護行政執法責任制，組織對環境保護法律法規實施情況的執法檢查；負責實施企業環境行為評價和公示，組織相關單位的環境執法咨詢、論證和審核。
自然保護區
組織實施自然生態保護的法律、法規和規章；監督管理全市自然環境保護和農村生態保護；組織編制、監督檢查全市生物多樣性和自然保護區發展規劃，參與各類新建自然保護區的初審；監督檢查野生動物、珍稀瀕危物種保護和濕地環境保護；負責生物技術環境安全管理；組織全市生態示範區(點)建設和環境優美鄉鎮創建；郊縣環境綜合整治量化考核的歸口管理；負責全市飲用水水源汙染防治的監督管理；對影響生態環境的資源開發活動、重要生態環境建設和生態損害恢復進行監管。
開發建設環境管理辦公室
組織實施全市建設項目環境保護管理的法律、法規和規章；負責全市新建、擴建、改建項目和區域性開發建設(含住宅建設)項目等專項建設項目的環境管理，負責全市限額內建設項目的環境預審、竣工驗收；審批規模以上建設項目和區域開發項目的環境影響報告書；監督建設項目的“三同時”;負責處理跨區域建設項目環境管理中的爭議；配合國家和省環保部門對環境影響評價和環境管理咨詢機構的認證單位進行管理。
汙染控制辦公室
組織實施大氣、水、土壤、噪聲、固體廢物和有毒化學品防治的法律、法規和規章；組織實施全市排汙許可證、汙染源限期治理、行政機構實施等環境管理制度，協助上級對危險廢物經營許可和廢物進出口的審核管理；組織編制環境功能區劃，組織制定全市重點流域、重點區域和重點汙染企業的汙染防治規劃並監督實施；負責市政府直屬企業及相關行業環境汙染保護的監督管理；管理汙染企業搬遷，會同有關部門實施汙染集中治理，淘汰汙染嚴重的落後作業和設備；指導環境汙染防治示範工程建設；協助國家和省環保部門對放射性物質、電磁波輻射和核安全進行監督管理。
規劃和財務辦公室
組織制定和實施全市環境保護中長期規劃、年度計劃和排汙費征收計劃；編制全市汙染物排放總量控制計劃；參與制定全市經濟和社會發展的長遠規劃和計劃，以及土地開發整治規劃、區域經濟發展規劃、產業發展規劃、資源節約和綜合利用規劃，參與編制城市總體規劃中的環境保護內容；組織協調國際環境保護條約在本市的實施，歸口管理本市環境保護對外交流與合作；編制並組織實施市級汙染治理資金和環境保護補助資金的使用計劃；負責全市排汙費征收、管理和使用的財務管理；負責本局的財務管理；參與全市環保系統國有資產監管和價格、收費管理，負責內部審計；負責全市環境統計和排汙申報管理。
監控技術產業司
管理全市環境監測工作，組織編制和實施年度環境監測計劃，建立和完善環境監測體系，組織實施環境監測標準和規範；組織編制環境質量報告、環境質量狀況公報和重點汙染源排放狀況報告；指導全市環境監測網絡的建設和管理以及各級環境監測站的標準化工作；組織實施國家和省環境標準，制定和實施地方環境標準，組織實施計量認證和質量管理；編制並組織實施全市環境保護科技發展規劃和年度計劃，組織環境保護科技合作、技術咨詢、技術研究和實用技術推廣；組織環境保護科研成果的鑒定和獎勵；負責全市環境管理體系標準認證的管理和推廣；參與推動清潔生產和環境標誌認證；負責我市及進入我市的環保產品和企業資質的備案；負責全市機動車汙染防治的監督管理。
檢查辦公室
監督檢查派駐單位及其所屬系統執行黨的路線、方針、政策和決議，遵守國家法律法規，執行黨中央、省政府的決定和命令；依據《中國* * *黨章》和《行政監察法》，對本單位黨組(黨委)及其成員和其他領導幹部進行監督檢查；協助派駐單位黨組織和有關部門搞好黨風廉政建設，糾正部門和行業不正之風，查處案件，會同有關部門對黨員幹部進行黨紀政紀教育；監督檢查駐在單位及所屬系統黨風廉政建設責任制的落實情況；督促和協助派駐單位研究制定從源頭上治理和懲治本系統、本行業腐敗的措施；受理對巡視監督對象的投訴和申訴，查處巡視監督對象違反黨紀、政紀的案件；完成市紀委、監察局以及駐在單位黨組(黨委)和行政領導交辦的其他工作。
根據《國家環保總局關於進壹步加強環境監管若幹意見的通知》(環發[1999]141)的有關規定，各級環境監理機構是依法對轄區內所有單位和個人執行環境保護法律法規、執行環境保護政策和標準的情況進行現場監督、檢查和處理的專職機構。受南京市環保局委托，市環境監察支隊承擔
(1)貫徹執行國家和地方環境保護的有關法律、法規、政策和規定。
(二)依法對汙染源排放汙染物和汙染治理設施運行情況、建設項目“三同時”執行情況以及各單位或者個人執行環境保護法律法規的情況進行現場監督檢查；參與編制汙染治理項目年度計劃，並負責對計劃執行情況的監督檢查。
(三)負責向全市排放汙水、廢氣、固體廢物、噪聲等汙染物的單位或個體工商戶，征收排汙費；並負責排汙費的財務管理和統計報表的編審。
(4)負責全市所有排汙單位的組織、實施、審核、匯總和上報工作。
(5)負責各類環境違法行為的現場調查取證，向市環保局提出行政處罰建議，執行市環保局作出的處罰決定。
(6)負責“自然保護區”、“生態示範區”等自然生態保護的現場監督檢查。
(7)負責區域內的“噪聲標準區”和“煙塵控制區”