1、自治區地方稅務局直屬征收管理局
負責征收管理自治區金融、保險系統集中繳納的營業稅和國有企業繳納的所得稅，並檢查其稅收政策執行和繳納情況。
2、自治區地方稅務局中部稅務稽查分局
負責組織實施呼和浩特市、烏蘭察布市、錫盟、二連浩特市的稅務稽查、檢查等工作。
3、自治區地方稅務局西部稽查分局
負責組織實施包頭市、鄂爾多斯市、巴彥淖爾市、烏海市、阿盟地區的稅務稽查、檢查等工作。
4、自治區地方稅務局東部稽查分局
負責組織實施赤峰市、興安盟、通遼市、呼倫貝爾市、滿洲裏市地區的稅務稽查、檢查等工作。 1、根據國家關於機關後勤管理體制改革的原則和要求，於1994年11月正式成立了自治區地方稅務局機關事務服務中心。
2、內蒙古自治區地方稅務局註冊稅務師管理中心，1996年7月成立。
主要是根據委托開展地稅系統稅務事務的審計和咨詢活動；受理納稅人、扣繳義務人委托承辦稅務代理業務。
3、內蒙古自治區地方稅務信息中心，1996年7月成立。
負責擬定全區稅務管理信息系統的總體規劃和技術設計；指導、組織和實施全區稅收信息化建設；制定全區地稅系統各項信息管理制度和標準規範並組織實施；組織系統信息化軟件開發、推廣應用和技術培訓工作；負責區局綜合數據管理系統的開發、建設、運行和維護；負責全系統綜合數據與有關部門網絡信息的歸集、分類、存儲、加工與傳輸等工作。
4、內蒙古自治區地方稅務培訓中心，1996年7月成立。
參與全區地稅系統幹部職工教育培訓規劃的制定並組織實施；負責培訓經費的使用和管理；負責全區性幹部培訓教育的教學、師資及教材的組織安排工作；指導下級地稅系統的幹部培訓工作，與有關部門聯系做好系統內公派出區、出國進修、培訓，聘請專家講學等組織管理工作。
5、內蒙古自治區地方稅務科學研究所，1996年7月成立。
根據全區經濟發展方向和各階段的特點，制定理論研究規劃，進行稅收理論和地方稅制及其完善的目標、方向模式的研究， 根據國家經濟、政策的調整，開展中長期稅收政策研究；負責全區稅史研究與資料的收集整理；組織、指導、協調全區地稅系統研究機構的研究工作；參加總局及有關部門組織的課題研究；參與稅務學會和其他機構開展的學術交流活動；組織內部刊物的編輯發行工作。 1、辦公室
協助局領導處理機關日常工作，協調機關政務工作。負責會議的組織、文件的起草和機關文秘、檔案、財務、調研、信息、保密、規章制度建設等工作。
2、人事處
負責管理局機關和系統人事、機構編制、勞動工資、專業技術職務評聘、老幹部等工作，按權限考核、任免盟市地稅機關副處以上領導幹部。
3、宣傳教育處
組織制定地方稅務系統幹部職工教育培訓規劃，負責稅務宣傳工作。
4、法制處
負責稅政調查研究，擬訂稅收業務的規章制度；組織實施對稅收法規、規章執行情況的監督檢查；負責稅收法制宣傳教育工作；辦理行政復議。
5、財務裝備處
負責管理分配全區地稅系統的經費、財務、裝備，並監督檢查其使用情況。負責全區地稅系統的國有資產管理及系統財務監督審計工作。
6、稅政管理壹處
研究擬定貫徹國家和自治區有關稅收的方針、政策的具體管理辦法和措施；負責營業稅、地方企業（包括國有、集體、股份制、私營企業）所得稅、個人所得稅和涉外稅收的征管工作。調查處理執行稅收政策中的有關事項。
7、稅政管理二處
研究擬定貫徹國家和自治區有關稅收的方針、政策的具體管理辦法和措施；負責城市維護建設稅、資源稅、城鎮土地使用稅、車船使用稅、房產稅、筵席稅（該稅種現已取消）、印花稅、教育費附加、屠宰稅（該稅種現已取消）、土地增值稅的征收管理工作，調查處理執行稅收政策中的有關事項。
8、農牧業稅收管理局
研究擬定貫徹國家和自治區稅收的有關方針、政策的具體管理辦法和措施；負責農業稅、牧業稅、農業特產稅、耕地占用稅、契稅的征收管理工作。調查處理執行稅收政策中的有關事項。
9、稅收管理處
負責全區地方稅收的基礎性征管工作；管理稅務代理工作；負責稅務登記，制訂稅收綜合管理辦法和各項制度；負責普通發票的管理和部分個體稅收的管理及受理納稅人提出的各項稅務申請等工作。
10、社保處
負責全區社會保險五費的征繳基礎管理工作；負責社會保險費《征繳辦法》的草擬、修訂和解釋工作；負責全區社會保險費收入計劃的預測、任務的下達；負責協調自治區財政、勞動、金融等部門，解決工作中存在的問題。
11、計劃統計處
負責預測、計劃地方稅稅源，編制自治區地方稅收年度計劃，組織全區地方稅收解繳入庫、稅收票證管理、納稅申報管理；負責稅收統計、分析；對統計制度的執行情況進行檢查監督。
12、稅務稽查局
依法制定地方稅務稽查檢查制度和辦法；組織全區地方稅務稽查、檢查工作，查辦稅務違法違紀案件；稽查審計稅務系統內部稅務征管質量；指導和管理中部、西部、東部三個稅務稽查分局的工作；受理偷、逃稅及其他涉稅違法案件舉報工作。
13、監察審計處
負責全區地稅系統黨風廉政建設、領導幹部廉潔自律、案件查處、糾風工作、行政監督、內部審計、巡視檢查等工作。
14、機關黨委
負責機關思想政治建設及機關黨建工作；負責機關黨風廉政建設工作；協同辦公室、機關服務中心負責機關精神文明建設工作；負責機關工會、團支部、婦委會工作。
15、離退休幹部管理處
負責離退休人員管理工作 內蒙古自治區地方稅務局下轄14個盟市、計劃單列市地方稅務局
呼和浩特市地方稅務局、包頭市地方稅務局、呼倫貝爾市地方稅務局、興安盟地方稅務局、通遼市地方稅務局、赤峰市地方稅務局、錫林郭勒盟地方稅務局、烏蘭察布市地方稅務局、鄂爾多斯市地方稅務局、巴彥淖爾市地方稅務局、烏海市地方稅務局、阿拉善盟地方稅務局、滿洲裏市地方稅務局、二連浩特市地方稅務局。