但是，在中小企業使用電子商務的過程中，會遇到壹些問題，影響中小企業實施電子商務。
壹是中小企業對電子商務認識不足。
許多中小企業管理基礎落後，領導者信息化意識薄弱，沒有充分認識到在知識經濟時代搶占信息市場的重要性。或者對如何開展電子商務有片面的認識，比如認為電子商務就是上網，或者簡單的建壹個企業網站，但是相關的管理基礎沒有跟上，企業的電子商務只停留在網站建設的表面。因此，中小企業不僅要在觀念上重視電子商務，還要了解電子商務的本質，不能盲目跟風。
另外，電子商務不僅僅是壹門生意。中小企業缺乏供應鏈的管理能力。如何與供應鏈核心企業合作，利用其平臺或第三方交易平臺開展業務，也是中小企業開展電子商務的重要課題。
二是中小企業電子商務設施落後
中小企業使用互聯網，不同程度地參與電子商務。根據牛商的市場統計。com，目前只有22.3%的企業參與電子商務。在眾多行業用戶中，汽車行業、電子行業、貿易行業的信息化建設水平相對較高。
然而，在這些領先行業中，電子商務的應用極不平衡，許多網站不成熟。比如網站建設目的不明確，目標用戶不明，企業形象無法體現。網站功能單壹，用戶找不到自己需要的信息，用戶的查詢往往得不到回應。壹些企業雖然建立了網站，但過於註重傳統業務，網站利用率極低，甚至成為壹個空殼。
由於資源有限，很多中小企業需要專註於自己的業務，很難在信息化建設上投入足夠的資源。而中小企業在采購、生產、庫存、銷售、財務、人事等方面普遍對應用有壹定的需求，應用服務提供商模式ASP成為中小企業開展電子商務的選擇。就目前ASP的發展來看，由於受觀念、安全等因素的影響，ASP在中國的發展並不盡如人意。
三是中小企業電子商務實施不力。
由於中小企業的管理者還沒有充分認識到電子商務給企業發展和營銷方式帶來的革命性變化，對人才的培養不夠重視，導致電子商務人才短缺。中小企業開展電子商務既需要技術，也需要人才，而這方面的人才在大企業中並不充裕。專業人才短缺，電子商務模式缺乏創新，導致中小企業缺乏網絡運營經驗，電子商務的優越性無法彰顯。很多中小企業沒有足夠的余力涉足電子商務。
資金短缺是中小企業普遍面臨的困難。在有限資金的合理使用方面，許多中小企業還處於探索階段。很多中小企業80%以上的資金投入在硬件上，而配套軟件和IT服務的投入相對滯後，軟件的選擇不當，咨詢合作夥伴的協調不力，最終會使企業的投資回報率低下，難以獲得持久的發展動力。
第四，中小企業缺乏電子商務規劃。
中小企業在發展電子商務時往往缺乏長遠規劃，更註重短期利益。電子商務涉及業務轉型，不同企業發展電子商務的方式不同。從利用互聯網瀏覽、收集和發布信息，到建立企業網站、信息平臺和實施網上采購，再到建立行業聯合采購平臺和完善自身供應鏈管理系統，中小企業實施電子商務應逐步到位，有長遠規劃，分步實施。
電子商務在我國發展已久，中小企業對實施電子商務發展戰略仍缺乏深刻認識。然而，面對鋪天蓋地的電子商務發展浪潮，中小企業別無選擇，只能盡快實施電子商務。否則遲早會被電子商務的潮流所淘汰。
第五，電子商務全球化不夠的問題
如今，全球電子商務的發展已經不可逆轉。電子商務是世界經濟全球化和科技發展的必然產物，其發展勢頭不可阻擋。不久將會有關於電子商務的國際協議和規則。然而，目前關於電子商務的國際談判主要集中在少數發達國家之間，如果發展中國家不及時參與對話，不利於電子商務國際框架的形成。
對於中小企業來說，最重要的是增強全球意識。Niushang.com網絡營銷專家認為，企業要真正實施全球化戰略，當務之急是提高企業信息化程度。
進入國際市場後，相當壹部分中小企業已經意識到網站建設，尤其是直接面向客戶的英文網站建設，將成為企業業務增長的關鍵因素；同時也是企業區別於其他同行，建立自己品牌的重要平臺。而中小企業從建站到托管到維護所花的錢，與信息化提升後獲得的利潤、更廣泛的客戶來源、品牌價值相比，根本不值壹提。正是由於意識到了網絡的重要性，中小企業的英文網站紛紛建立起來。