1，管理目標不同
ERP的重點在於財務，即從財務的角度規劃企業的資源。相關模塊也是以財務為中心，最終管理數據集中在財務報表上。MES以制造為中心，即以產品質量、準時交貨、設備利用率和過程控制為管理目標。因為不同的企業有不同的管理重點，所以在選擇信息系統的組成時有不同的重點。集團公司、商業企業、物流企業更重視ERP管理，而制造企業更需要MES管理。
2、管理範圍不同
ERP的管理範圍較大，涉及采購、財務、銷售、生產訂單管理、出貨管理、產成品入庫計劃控制等計劃層面。主要是有效地享有和利用企業資源，使企業資源在采購、倉儲、生產、銷售、人、財、物等各個方面得到合理的分配和利用，但不夠細致。MES管理比ERP更細化，主要涉及工單分配、流程防錯、產品譜系、SPC質量分析、設備數據分析、流程追溯等執行層面，可以更細化到每壹個制造流程，對每壹個流程的任務下達和執行、數據收集、現場調度進行控制。
3.不同的管理職能
ERP在制造管理中的作用除了財務管理、人力資源管理、客戶關系管理等功能外，主要是編制生產計劃和收集生產數據。MES除了細化生產計劃和收集生產數據外，還具有批量級生產控制和調度管理功能，如批量級工藝變更、制造設備、人員和物料的驗證控制、批量拆分和合並、批量生產訂單變更等現場調度功能。
4.實現方式不同。
ERP主要通過填表和轉表來實現管理。現場接收的制造任務通過表格傳達，現場制造數據也通過填表收集。MES通過事件的方式進行管理，監控生產訂單的變化和現場的制造情況，並通過MES內置的WIP引擎立即觸發相關事件，要求相關人員或設備采取相應的行動。因此，MES可以減少數據的輸入，通過信息系統實現工作現場的指令發布和數據收集，減少錯誤，提高時效性。
5.不同的時間段
正因為MES采用WIP (Work in Process)引擎驅動管理，所以可以實現現場的“實時管理”:上級生產計劃和生產調度可以即時反映在制造現場的操作界面上，現場生產數據和異常情況也可以實時反映在管理崗的監管界面上，提供了企業上下級之間的雙向生產信息流，使及時調度成為可能。在ERP的形式下，必然會有壹個錄入的周期，所管理的數據以周、天為時間段，無法對現場執行進行有效的實時控制，即制造過程中存在“信息黑洞”，對制造過程的管理和控制產生越來越不利的影響。
6.不同的技術要求
ERP主要處理計劃數據，數據量小，不需要與底層硬件交互，易於集中管理。當實施時，計劃過程是相對固定的。MES的數據粒度小，數據量大，與工廠的工藝、車間管理流程、自動化程度密切相關。不同企業在執行上有很大差異，需要不斷適應車間管理模式的變化。另外，MES系統直接記錄生產過程數據，比ERP要求更高的可靠性和穩定性。