1，不同的組織結構
農村信用社原屬農業銀行管轄。1996《關於農村金融體制改革的決定》中明確，農村信用社與中國農業銀行脫離行政隸屬關系，農村信用社的業務管理和金融監管由縣聯社和人民銀行承擔。
農業合作社即使屬於銀行業金融機構，也是在合作制基礎上吸收股份制運行機制形成的股份合作制社區型地方金融機構。它們是由農民組成的合作金融組織，對股東實行民主管理，主要為股東服務。它們是經中國人民銀行批準成立的合法金融機構。
中國農業銀行是根據公司名單組建的股份制企業，是中國四大國有獨資商業銀行之壹。
2.不同的商業模式
在具體業務上，農信社的功能比較單壹，資金來源主要是成員繳納的股份、吸收的存款和留存的公積金，借款主要是解決成員的資金需求；
另壹方面，中國農業銀行是壹個具有創新功能的綜合性金融機構，可以為農民提供多種服務。在職責上，與農行的多元化業務相比，農信社承擔了更多的農業生產和農村發展的重擔。
3.不同的資產規模
雖然農村信用社與中國農業銀行在同壹層次上有所不同，但在資產規模上，農村信用社的分布可以多得多，在組織和調節農村資金，支持農業生產和農村綜合發展方面發揮著重要作用。
農村信用社和中國農業銀行都是我國金融體系的重要組成部分，都在為我國農業生產提供相關的金融服務，但二者在經營模式、結構體系、資產規模等方面仍存在較大差異。
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