2、註冊系統賬號。排汙單位首次使用系統，需自行註冊賬戶，並用此賬戶登錄、辦理排汙許可所有申報審批事項。註冊需要企業填寫企業名稱、地址、統壹社會信用代碼等相關信息。排汙單位登錄公開系統，點擊導航欄“網上申報”按鈕，進入國家排汙許可申請子系統進行註冊。
3、填報申請內容及企業信息。登錄進入國家排汙許可核發平臺，排汙單位可選擇相應的業務進行辦理。申請排汙許可證需點擊“許可證申請”，進入後按照排汙單位實際情況填報信息，並確保信息的真實性和有效性。以後如需對許可證進行變更、延續或補辦，可點擊相應選項。
4、申請前信息公開。在網上提交申請前，排汙單位應將主要申請內容通過國家排汙許可證信息管理平臺或者其他途徑等便於公眾知曉的方式向社會公開，公開時間不得少於5個工作日；對於實行排汙許可簡化管理的排汙單位，可不進行申請前信息公開。
5、網上提交申請。網上信息公開結束後，在國家排汙許可管理信息平臺上提交申請。其中，實行重點管理的排汙單位向生產經營場所所在地的市級環境保護主管部門申請核發排汙許可證；實行簡化管理的排汙單位向生產經營場所所在地的縣級環境保護主管部門申請核發排汙許可證。