三人長大後，成立了以為首的蕭。當時，雨隱村的首領半藏受到誌村團藏的蠱惑，擔心他們勢力的擴大會威脅到他們的統治地位，於是半藏欺騙他們，說要借助他們的力量向火、風、地三大國提出和平談判的建議(因為雨隱村處於三大國交界處，戰略地位十分重要，當時第三次世界大戰激烈)，彌彥答應了他的要求。
但是當他們到達會面地點時，他們發現這是壹個陷阱。半藏與西藏人勾結，埋伏在會議地點，並參與消滅他們三人，包括木葉的秘密部分。半藏用事先俘虜的小楠的性命威脅長門要殺死彌彥，彌彥為了救小楠讓長門自殺。
當我不知道如何選擇時，彌彥撞上了長門的悲慘遭遇，倒在了長門身邊。就在半藏要殺光他們的時候，長門擋住了半藏手下的所有進攻，然後救下了牡丹，自己則被半藏的火逃和胯下的起爆炎陣纏住了。眼看著自己被騙，自己最好的朋友死在自己面前，大怒之下用眼神召喚出壹個奇怪的怪物，震驚了全場所有人。之後，木葉的黑暗部分和半藏的人都被異教徒帶走了靈魂，半藏和團藏逃走了。
在死後，成為了蕭的領袖，並利用翻眼術制造了僵屍傀儡佩恩的六道。的屍體被帶到的佩恩六道中，用來指揮蕭的組織。後來，半藏被長門控制的佩恩路6號殺死。從那以後，長門壹直統治著雨藏村。
擴展數據:
過程在第393集(佩恩的誕生)—
劇情簡介:在經歷了許多磨難之後，長門、小楠和彌彥終於見到了自來也，而自來也決定留下來照顧他們，於是他們的生活開始了。直到有壹天，長門為了保護彌彥，殺了壹個忍者。從那以後，自來也壹直在向彌彥、小南和長門教授忍術。
三年後，自來也將他對和平的信念托付給長門並離開了。因此，他們開始以彌彥為領袖采取行動，不依靠權利和武力創造和平的想法很快得到了所有人的支持，但余音的領導人用卑鄙的手段殺害了彌彥。彌彥死後，長門取代彌彥成為該組織的領導人。為了他們的目標，組織成員壹個接壹個地死去。長門認為只要人存在，仇恨就不會消除，自來也的想法根本不現實。
聽了長門的故事後，鳴人說，雖然他理解長門的行為，但他不能原諒他的罪過。然而，作為自來也的徒弟，自來也把希望寄托在他身上，他不得不相信自來也所相信的。知道站在他面前的人的名字是鳴人，並看到鳴人的決心，長門作出了壹個令人震驚的決定。.....