法律分析：1、下載並安裝自然人稅收管理系統，然後登錄進入系統主界面，點擊人員信息采集，頁面跳轉，點擊添加。
2、輸入員工的基本信息，包括姓名、身份證號碼、出生年月、手機號碼、入職日期等，員工信息輸入完之後，點擊報送，然後再點擊獲取反饋。
3、返回的系統主界面，點擊綜合所得申報，頁面跳轉，點擊工資薪金後面的填寫。
4、頁面跳轉，進入個人所得稅填寫界面，點擊添加或導入，錄入員工的收入信息。
5、個人所得稅收入填寫好之後，點擊稅款計算，這壹步只需要點擊這個按鈕，無需其他的操作。
6、點擊稅款計算後，再點擊申報表報送，頁面跳轉，點擊發送申報。
7、點擊發送申報之後，小微企業個人所得稅就申報成功了，可以登錄進入電子稅務局，查看申報的結果，如果顯示已申報，就說明稅局已經接收到申報信息了，個稅申報工作已經完成了。
法律依據：《中華人民***和國稅收征收管理法》
第壹條 為了加強稅收征收管理，規範稅收征收和繳納行為，保障國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。
第二條 凡依法由稅務機關征收的各種稅收的征收管理，均適用本法。
第三條 稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行;法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。
任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定。
第四條 法律、行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。
法律、行政法規規定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。