納稅人收到增值稅進項稅發票後，首先需要檢查抵扣聯(第壹聯)和發票聯(第二聯)是否齊全，檢查發票內容是否真實正確，檢查是否有單位發票專用章。
檢查無誤後，帶著抵扣單去稅務局認證，稅務局工作人員會把發票信息掃描進系統，系統會自動比對。認證完成後，稅務機關工作人員將抵扣聯退回，並打印出認證結果清單和認證結果通知書壹式兩份，納稅人需加蓋放置在窗口的認證專用章。
2、掃描儀認證
以下是掃描儀認證操作模式:
(1)納稅人將掃描儀連接到電腦，連接網絡，打開企業軟件，選擇相應的掃描儀，進入系統；
(2)將待認證的抵扣聯正確放置在掃描儀上，點擊專用發票網上認證或機動車/貨運票證網上認證，對相應的發票類型進行網上認證；
(3)進入網上認證頁面後，點擊單掃描或高速掃描按鈕，軟件將自動掃描發票圖像，識別發票電子數據。掃描識別發票電子數據後，請對照抵扣聯原件核對電子數據。識別不準確的，按原扣數通過鍵盤手動修改。
(4)點擊在線認證，進行實時認證。如果返回結果為“認證通過”，納稅人可以進行下壹步下載打印通知書的操作；如果返回結果為“認證失敗”，請仔細核對電子數據是否與扣款原件壹致。如果不壹致，可能是掃描識別錯誤或手工錄入錯誤。根據扣款原件更正電子數據後，重新傳輸認證；
(5)點擊通知，選擇要下載通知的“月份”(默認為當月)，點擊“下載認證結果通知”按鈕。下載通知後，點擊“打印通知”按鈕，打印認證結果通知和認證結果列表。
3.在線檢查認證。
可以通過這種方式認證抵扣的發票有增值稅專用發票、貨物運輸增值稅專用發票和機動車銷售統壹發票。
(1)將稅控面板插入電腦，進入增值稅發票認證平臺，輸入證書密碼，點擊登錄(每次使用本系統時，必須確保連接用於識別用戶的金稅面板或稅控面板)；
(2)點擊菜單中的發票檢查，選擇開票起止日期，點擊查詢，顯示未認證的發票；
(3)檢查確認本期待認證發票，點擊保存；
(4)彈出核對確認信息，再次確認金額和稅金是否有誤，然後點擊確定，彈出提示數據提交成功的對話框，再點擊確定，發票核對成功；
(5)如果發票數據足夠，點擊批量檢查，下載過濾，最後點擊上傳，完成批量檢查處理；
(6)發票核對完畢後，返回主界面，點擊確認核對菜單，頁面會自動跳轉到確認核對功能模塊。在確認標誌上勾選“已勾選未確認”，點擊確認按鈕進行確認。彈出發票確認匯總窗口，再次確認核對的稅額是否正確，如果點擊提交正確；
(7)認證後，壹段時間後可以找到已申報抵扣發票統計表。網上輸入認證壹個月可以認證很多次，最後會算。