《中華人民共和國國家稅務總局關於印發〈跨地區經營匯總納稅人所得稅征收管理法〉的公告》(國家稅務總局公告第57號，2012)第十條規定，匯總納稅人應當自年度終了之日起五個月內，通過總機構計算企業年度應納所得稅額， 扣除總機構和分支機構預繳的稅款，計算應退稅款，按照本法規定的稅收分成辦法計算總機構和分支機構。 合並納稅人納稅年度預繳的企業所得稅少於全年應納企業所得稅的，由總機構和分支機構在匯算清繳期間分別匯算清繳應納企業所得稅；預繳稅款超過應納稅額的，主管稅務機關應當按照有關規定及時分別退稅，或者經總機構和分支機構同意，抵扣下壹年度應繳納的企業所得稅。因此，從2013年企業所得稅匯算清繳開始，跨地區的匯總納稅分支機構也應參與退稅的匯算清繳和分配，與原政策有所不同。從上述規定可以看出，匯算清繳的主體仍然是總機構，分支機構無需進行年度納稅調整，自行計算應納稅所得額和應納稅額，只需根據總機構上報的分配表中的應納稅額和應退稅額當場申報補退稅即可。為了保證匯款的順利進行，分支機構也需要填寫年度納稅申報表，但是只需要填寫幾項，和總公司的年度納稅申報表完全不同。同時，為便於當地稅務檢查，也需要分支機構提交參與企業年度納稅調整情況說明，可參照企業所得稅年度納稅申報表所附“納稅調整項目清單”所列項目進行說明。本說明經總行確認後提交，需要總行統壹計算調整的項目不做說明。分支機構除提交企業所得稅年度納稅申報表(只填寫部分項目)外，還應提交總機構所在地主管稅務機關受理的納稅企業分支機構所得稅分配表、分支機構年度財務報表(或年度財務狀況和經營收支情況)及分支機構參與企業年度納稅調整的說明。跨地區匯總納稅企業的分支機構，在進行2013年度及以後年度納稅申報時，暫按《中華人民共和國國家稅務總局* * *關於發布中國企業所得稅月(季)度預繳納稅申報表的公告》(中華人民共和國國家稅務總局公告2011第64號)。分支機構應繳納(退還)年度所得稅，同時報送《中華人民共和國企業所得稅匯總納稅分支機構分配表》。需要做會計和報稅找新銳藍天，很高興為妳解答。
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