首先，要準確區分稅務檢查的基本方法。
稅務稽查人員在具體工作中運用稅務稽查的基本方法時，最重要的是弄清這些不同方法的具體範圍、內容、區別和聯系。例如，審計方法是指對被審計對象的會計報表、會計賬簿、會計憑證及其他有關資料進行系統審查，以確認被審計對象納稅義務(扣繳稅款義務)的真實性和準確性的壹種方法。分析方法是指運用不同的分析技術，對與企業會計數據有內在聯系的財務管理信息和納稅情況進行系統、重點的檢查和分析，以確定涉稅疑點和線索並進行跟蹤檢查的方法。調查方法是指在稅務檢查過程中，采用觀察、詢問、外部調查、清查等方法的總稱，對涉稅業務情況、營銷策略、財務管理、存貨等進行檢查和核實。至於電子化審計方法，主要是指利用計算機化的企業財務會計軟件對賬目進行審計的壹種方法。在實際工作中，對於壹個審計案例，往往會根據實際情況有選擇地使用各種方法。至於采用什麽樣的稅務審計方法，審計實施者壹般在查賬時自然會用到，但具體是哪壹種就不壹定清楚了。因此，作為壹名合格的稅務稽查人員，首先要在理論上準確掌握各種稅務稽查的基本方法。只有這樣，才能保證審計人員在實際檢查中正確、有目的地運用各種稅務檢查方法。
二、明確稅務檢查基本方法的種類。
(1)審計方法的種類:根據審查方法、詳細程度和審計順序，審計方法可分為審查法和檢查法、詳細調查法和抽查法、順序調查法和反向調查法。
(2)分析方法的種類:主要包括控制計算法、比較分析法、推理分析法、技術經濟分析法、經濟活動分析法、因素分析法和相關分析法。其中常用的有控制計算法、對比分析法和相關分析法。
(3)調查方法的種類:調查方法可分為觀察法、詢問法、外部調整法和清查法。盤點方法分為實地盤點法和其他盤點法(數理盤點法、賬面盤點法、委托盤點法、綜合盤點法等。).
(4)電子審計法:是指利用電算化會計企業財務會計軟件審計賬目的壹種方法。企業會計電算化是指由硬件、軟件、數據、程序和人員構成的會計信息系統。功能齊全的財務會計軟件是會計信息系統的核心，也是稽查人員開展電子化稽查應具備的基礎知識。第三，要掌握稅務檢查各種基本方法的應用。
作為壹名稅務稽查人員，了解各種稅務稽查方法壹般不難，但理論聯系實際並不容易。因此，掌握各種稅務檢查方法，並在實際工作中靈活運用，是做好稅務檢查工作的關鍵。
(壹)、審計方法:
1，復習法和檢查法。本復核方法適用於所有企業的經濟業務檢查，尤其適用於數據邏輯關系和檢查依據內容的檢查。復核辦法的復核內容主要包括兩個方面:壹是與會計機構有關的會計信息；二是會計資料以外的其他經濟信息和相關資料，如壹定時期內外部審計資料、購銷和加工合同、車間和運輸管理等。需要註意的是，對於上述材料的審核，除了審核其自身的合法性、合理性外，還應結合自己掌握的其他材料進行審核。同時也要註意對時間邏輯關系的審核，包括材料中反映的日期是否應該與經濟業務發生的日期和會計記錄的日期不壹致。檢查規則用於檢查和驗證被審計對象的會計數據或其他數據，必須與其他檢查方法結合使用，以滿足檢查目標的要求。
2.詳細調查法和提取法。詳細調查法(全調查法)適用於規模較小、經濟業務較少、核算簡單、核算對象單壹的企業，或為發現重大問題而進行的專項檢查，以及整個檢查過程中對某(某些)特定項目和事項的檢查。詳查法對於管理混亂、業務復雜的企業，對於稅務稽查的重點項目和事項的檢查，壹般都能取得較好的效果。顧名思義，抽查法分為兩種:壹是重點抽查法，即根據檢查的目的和要求或納稅人事先的納稅情況，有目的地選取壹部分會計資料或存貨進行重點檢查；二是隨機抽樣法，即以隨機方式選取納稅人特定時期或特定範圍內的會計數據或存貨進行檢查。抽查法不僅在依據、環境、內容上不同於詳查法，而且在使用的基本方法上也不同，主要表現在按程序進行抽查，即必須先制定抽查方案，再實施具體的抽查，最後對抽查結果進行分析判斷。
3.直接檢查法和反向檢查法。序貫檢查法適用於業務規模較小或業務量較少的檢查對象，以及管理和財務管理混亂、存在重大問題和壹些特別重要項目的檢查對象。在審核分析原始憑證票面、項目內容、經濟業務真實性的基礎上，進行憑證核對、賬目核對、賬表核對、賬實核對。反向調查法主要采用回顧分析的技術方法，根據重點和疑點逐壹跟蹤檢查。反向檢查法主要適用於大型企業和內控制度健全、內控管理嚴格的企業的檢查，但不適用於壹些特別重要項目的檢查。
(2)、分析方法:
1.控制計算法:比如控制計算法常用的方法有以產控耗、以耗控產、以產控銷、以支控銷。是指利用數學方程的原理來推斷和確認賬面信息是否正確，並發現問題的壹種檢查方法。其基本程序是確定需要分析的項目或目標；二是確定事件分析的參考數據，收集數據進行事件分析；三是建立事件分析的數學模型；四是數據分析結果的對比。
2.比較分析法:常用的方法有絕對數比較分析法、相關比比較分析法、構成比比較分析法。
①絕對數的對比分析。在稅務檢查過程中，絕對數比較分析法適用於核實資產負債表、利潤表等會計報表中相關項目的真實性，以及檢查成本計算表(單)、納稅申報表、相關賬戶余額和相關明細賬戶中的特定項目。當這些項目的增減超過正常範圍和曲線值時，可以認為這種變化存在壹些涉稅疑點或問題。比如比較企業不同時期的貨運費用或銷售收入，比較不同時期的庫存商品(存貨)的購、銷、存數量，這是壹種絕對的比較分析。
②相關比率對比分析法。是指利用會計數據中兩個內容不同的相關經濟指標，尋找壹個新的指標比率，然後與該指標的計劃比率或以前的比率進行比較，觀察其性質和大小，從而發現異常情況的方法。如應收賬款周轉率、存貨結構、稅負率、存貨(運輸)費用率等指標的計算和比較。在檢驗中，有時相關比的對比分析比絕對數的對比分析更容易發現問題。例如，為了保證分析判斷的客觀性和正確性，實施者可以在使用絕對數比較分析法對被檢查項目進行分析後，使用相關比率分析法進行驗證。
③構成比對比分析法。它是通過計算相關經濟指標各組成部分的比重來確定各組成部分的比重是否符合常規，從而發現企業的涉稅問題。例如，通過計算和分析外購商品的構成比例與已售商品和期末存貨的構成比例是否相同，可以發現企業是否存在虛假采購或隱瞞銷售收入的行為。
3.相關分析法。它是指對相關項目進行比較，揭示差異，識別經濟業務中可能存在的問題的壹種分析方法。其基本程序是:首先，分析判斷經濟活動與稅收的關系；二是分析判斷經濟活動之間的相關性；三是弄清經濟活動之間的關系；四是分析把握問題本質。
(三)調查方法:是指對涉稅業務情況、營銷策略、財務管理、存貨等進行檢查和驗證所使用的方法的總稱。稅務檢查過程中通過觀察、詢問、外部調查和清查等方式對被審計對象進行檢查。如觀察車間、倉庫、營業場所和基礎設施場所；采用詢價方式進行面對面詢價和信函詢價；采用外調方式進行函調調查，派人進行外調調查；庫存方法可用於實際庫存和其他庫存。
(4)電子化審計方式:目前企業廣泛使用的財務會計軟件主要有金蝶、用友等。財務會計軟件可分為會計軟件、會計管理軟件和會計決策軟件。其中，會計軟件與稅務稽查的聯系最為直接。會計軟件的功能模塊是指具有相對獨立的會計數據輸入、處理和輸出功能的會計軟件的各個組成部分。這些模塊以會計處理程序為核心相互連接，形成壹個完整的會計系統。由於企業所處的行業不同，會計和管理的需求不同，模塊的劃分不是唯壹的，也不是壹成不變的。審計工作通常需要關註會計處理、當期會計、薪酬會計、固定資產會計、存貨會計、銷售會計、成本會計、會計報表匯總等模塊。
電子稽核的步驟和方法:壹、電子數據采集是電算化企業檢查的第壹步，也是關鍵的壹步。只有完整準確地收集企業數據，檢查工作才能順利進行。二、電子數據的整理是指通過技術手段對提取的電子數據進行恢復和重構，以尋找和提取與案件相關的線索和證據，最終形成檢驗分析報告，發送給相關檢驗人員。三是電子數據疑點分析。在已排序的企業標準賬套的檢查方式上，電子檢查與人工檢查沒有太大區別，但稅務檢查人員可以利用電子稽核軟件系統盡快發現疑點，確定檢查重點，並對疑點進行人工核查。四、電子化審計的註意事項。即要註意采集數據的完整性、保密性和安全性。