根據上述職責，市國土資源和房屋管理局設12個職能處室：
（壹）辦公室（掛行政審批辦公室牌子）
組織協調局機關日常工作；負責局機關文秘、信息、會務、接待、保密、安全保衛、檔案、史誌、政務督查等行政管理工作；負責全局目標責任考核工作；統壹承擔本部門行政許可和非行政許可審批事項的辦理工作。
（二）政策法規處（掛信訪處牌子）
組織起草國土資源、房屋、測繪和物業管理地方性法規、規章草案及有關政策；承擔局機關規範性文件合法性審核工作；推進全局依法行政工作；綜合協調全局法規調研工作；負責全局對外宣傳和普法宣傳工作；承辦行政復議、行政訴訟有關工作；組織辦理人大代表建議、政協委員提案。
負責全局來信來訪的登記、分辦和督促檢查；接待群眾來訪，分析來信來訪中反映的重要情況和傾向性問題；負責牽頭組織全局維護穩定工作。
（三）規劃處
牽頭研究分析全市國土資源形勢，提出國土資源供需總量平衡的政策建議；參與全市宏觀經濟運行及相關改革研究；組織編制全市國土資源和房屋等方面的綜合規劃和專項規劃；依法指導和審核區、市相關規劃；編制土地利用計劃並監督實施；參與農用地轉用的報件審查；組織研究有關國土資源的區域和城鄉統籌協調、綜合利用及循環經濟政策措施。
（四）財務審計處
組織編制局機關財務預、決算；負責局機關財務、會計業務事項及財務管理工作；負責局機關及所屬單位的財務和固定資產管理的規章制度建設；負責局機關的國有資產管理工作，指導所屬單位的國有資產管理工作；負責征收土地出讓金等非稅收入；負責所屬單位的內部審計和監督工作。
（五）市場監管處
監督管理國有土地使用權轉讓、抵押；負責房地產估價師、經紀人等相關行業專業培訓；定期發布各類房屋的重置價格和房地產市場指導價格，公布土地出讓成交價格；負責組織基準地價、標定地價的評測工作；指導土地評估價格備案管理；負責房地產交易統計和市場態勢分析。
（六）權籍管理處
監督指導城鎮、農村土地房屋確權、登記發證工作；調查處理重大土地、房屋權屬爭議；指導城鎮、農村土地房屋權屬糾紛和遺留問題的調查處理；擬訂地籍房籍調查管理的技術規範；指導區（市）土地、房屋管理部門房地權籍管理工作；組織開展土地資源現狀調查、動態監測、地籍房籍權屬調查、變更調查及統計；負責建立全市地籍信息系統。
（七）耕地保護處
參與擬訂耕地保護、土地整理、土地復墾和開發政策；負責基本農田保護和土地整理、復墾、開發工作；承擔耕地保護責任目標考核有關工作；監督檢查基本農田保護和占用耕地補償制度落實情況；指導、監督全市農用地轉用、征收工作，承辦農用地轉用、審核報批工作；負責農村集體建設用地使用權流轉工作。
（八）土地利用管理處
負責全市建設用地政策實施的調研、業務指導和歸口管理；負責全市各類建設項目節約集約用地控制指標的落實及考評；會同有關部門組織編制建設用地年度供應計劃並監督檢查；負責建設用地供應情況的統計和上報備案工作。
（九）地質礦產管理處
負責全市礦產資源儲量管理；負責礦產權、采礦權管理；負責礦產資源勘查、開發利用與保護的監督管理；負責地質遺跡保護工作；負責建設用地地質災害危險性評估的認定管理；指導礦山地質環境影響評價報告（或說明書）的審核、備案和納入建設項目環境影響評價報告書的銜接工作；組織、協調、監督全市地質災害防治工作；組織實施全市重大地質災害等國土資源突發事件應急預案；負責全市古生物化石、地質遺跡、礦業遺跡等重要保護區、保護地的監督管理；組織監測、監督防止地下水過量開采引起的地面沈降和地下水汙染造成的地質環境破壞。
（十）住房保障和房政管理處
負責全市住房保障和房政管理工作，指導並歸口管理區（市）的業務工作；負責全市住房保障和供應體系建設及保障性住房的管理工作；組織實施全市住房制度改革；監督管理危、破、陋住房改造；負責房產管理基礎數據統計及分析；負責市內四區國有直管房產的產權產籍管理，依法管理國有直管房產；指導監督房產經營管理單位；負責落實私房政策；負責房屋租金政策調研；擬訂全市房屋技術標準和規範並組織實施、檢查監督；負責房屋質量、房屋設備檢測的技術規範管理和安全管理；協調全市房屋防汛救災工作；負責房屋使用、修繕、再裝修的行政管理；配合有關部門保護文物建築、優秀建築；負責房屋安全鑒定機構資質及從業人員執業資格管理；負責白蟻防治工作；負責全市房屋維修資金的歸集、使用和監督管理；承擔物業監督管理職責。
（十壹）科技信息處
負責全局信息化和電子政務建設；擬訂信息化建設總體規劃及年度計劃；負責備案區、市級國土資源房屋管理信息化規劃、計劃和重大信息化建設工程方案；負責全局重大信息工程的立項、組織協調、監督檢查工作。負責局機關門戶網站及業務網站的規劃、建設、管理、維護，以及網上服務資源管理；編制實施全市國土資源、測繪、房屋、住房保障和物業管理科技發展規劃；組織實施重大科技項目和科技成果推廣應用；承擔國土資源科技成果管理工作；負責綜合統計和局內專業統計歸口管理。
（十二）組織人事處
負責局機關及所屬單位黨的建設、精神文明建設、思想政治工作；負責局機關及所屬單位幹部人事、機構編制、教育培訓等工作；負責統戰、僑務、民族宗教事務、計劃生育等工作；負責幹部監督與人事爭議調解工作；承辦因公出國(境)政審工作；負責系統內相關行業職業資格管理，指導行業社團組織。
離退休幹部工作處
負責局機關離退休幹部管理服務工作，指導局直屬單位的離退休幹部管理服務工作。
按規定設置紀委（掛監察室牌子）、機關黨委、工會和團委。