(1)辦公室(計劃財務部)。
負責文電、會議、機要文件、檔案等機關的日常運行，以及安全、政務公開、信訪、宣傳、財務等工作，並指導系統信息化建設；管理轉移支付專項資金和項目資金並監督實施；承擔行政事業性收費的監督管理；負責機關及下屬單位的人事、教育、組織和資產管理工作；負責機關離退休幹部工作，指導所屬單位離退休幹部管理工作。
(2)政策法規司。
承擔行政執法監督工作；參與食品藥品監督管理相關法律法規的起草；承辦相關的行政復議、行政訴訟和聽證。
(3)食物牌照事務處。
承擔食品、化妝品衛生許可管理工作；負責受理保健食品註冊申請；承擔國產化妝品衛生條件的初審；負責保健食品和化妝品衛生許可證的管理。
(4)食品安全監管部門。
承擔消費環節食品安全的監督管理，監督消費環節食品安全管理規範的實施；承擔消費環節食品安全調查監測，發布消費環節食品安全監管相關信息；依法承擔化妝品安全性評價工作；承擔保健食品和化妝品的衛生監督管理工作。
(5)中藥、民族藥藥品註冊監管部門。
監督執行國家藥品標準、《直接接觸藥品的包裝材料和容器目錄》以及醫療要求和標準；負責藥品、中藥保護品種、直接接觸藥品的包裝材料和容器產品的初步註冊；負責醫療機構制劑和藥用輔料的註冊和審查；負責醫療機構藥品和制劑的再註冊工作；指導藏藥研發和質量標準體系的建立；監督非處方藥目錄和藥物臨床試驗質量管理規範的實施；組織實施民族醫藥保護制度。
(6)藥品安全監管司(醫療器械監管司)。
監督藥品生產、醫療機構制劑和中藥飲片生產質量管理規範的實施；承擔放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品和藥品類易制毒化學品的監督管理；指導藥品不良反應和藥物濫用的監測工作；參與制定省級基本藥物目錄；承擔醫療器械生產經營許可、醫療器械安全監管和第壹類醫療器械註冊備案工作；監督醫療器械國家標準和醫療器械產品分類管理目錄的實施，承擔第二類醫療器械的註冊和監督管理；監督醫療器械臨床試驗、生產和經營質量管理規範的實施；組織醫療器械的檢測和不良事件的監測。
(7)檢驗所(藥品流通監督所)。
組織藥品、醫療器械監督檢查，依法查處藥品、醫療器械、保健食品、化妝品重大違法案件；指導和協調全省檢驗工作；組織開展突發事件應急處置工作；制定藥品和醫療器械監督抽驗計劃並組織實施，發布質量公告；監管藥品、醫療器械、保健食品、化妝品廣告；指導和監督檢查執法、應急管理、廣告管理、產品召回和案件調查工作；承擔藥品批發企業許可證的發放和管理工作；承擔藥品流通和使用的日常監管工作；承擔流通領域處方藥和非處方藥的分類管理。