月餅的保質期受原料質量、生產環境、生產設備、包裝工藝等諸多因素的制約，尤其是生產環境和包裝材料對保質期的影響。現代化工廠是在無菌條件下進行的，消除了汙染源，所以在這種環境下生產包裝的月餅保質期更長。
手工制作的月餅可以達到衛生條件，但達不到無菌水平，或多或少會沾染細菌，所以即使同樣包裝，保質期也會縮短。
月餅的包裝
壹般情況下，市面上的月餅有兩種，主要是包裝月餅和自制月餅。包裝好的月餅含有壹定的食品添加劑，會保存比較長的時間，有自己相應的保質期。壹般來說，包裝好的月餅有2-3個月。
自制月餅和包裝月餅不壹樣。它們裏面的營養成分都是純天然的，沒有任何食品添加劑，水分比較多，所以容易變質。壹般來說，自制月餅的保質期在10-15天左右。