管理信息系統績效評價的指標包括:壹是直接經濟效益評價，是指在MIS實施過程中，將計算機管理所節省的費用與壹次性投資(包括軟件和硬件投資)的折舊和運行費用相比較的結果。管理信息系統的應用增加了投資和壹些費用，但可以減少管理人員，減少了工資和人工成本。通過實現管理現代化，節約材料消耗，降低成本消耗，減少庫存資金，節約管理費用，堵塞資金漏洞等。科學的規劃和決策能帶來更不可估量的經濟效益。二、間接經濟效益評價是指企業在提高管理效率和數據集中管理方面，以及建立網絡系統後數據傳輸的及時性和準確性方面，對企業運行MIS後能夠實現實時、定量管理，提高企業競爭力的效益的評價。主要表現在通過管理手段提高整體管理水平所帶來的綜合經濟效益。這樣的綜合效益往往需要壹段時間才能體現出來，越發展到高級階段，這樣的效果越明顯，對企業產生質的、戰略性的影響。主要體現在企業管理自動化、基礎數據現代化、管理體系合理化、管理決策科學化、管理效果最優化等方面。
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