1、壹般系統的性能指標：它主要指GIS穩定性和平均無故障時間；GIS聯機響應時間；處理速度和吞吐量；GIS的利用率；系統的操作靈活性、方便性、容錯性；安全性和保密性；加工數據的準確性；系統的可擴充性；系統的可維護性等。
2、專業性能指標：主要指數據的包容性、空間分析的準確性及區域性、可視化的功能及性能等三個方面。
3、經濟效益指標：地理信息系統的經濟效益由兩部分構成：第壹部分為成本費用，指系統在開發、運行和維護時產生的各項費用支出；第二部分是系統效益，指系統投入運行後所產生的直接經濟效益和間接經濟效益。