1.站址不同:杭州東站位於浙江省杭州市江幹區全福橋路2號。杭州南站位於浙江省杭州市蕭山區站前路1號。
2.車站規模不同:杭州東站建築面積34萬平方米。平臺規模為15臺3線。杭州南站建築面積22.8萬平方米。平臺規模為7套21線。
3.主要線路不同:杭州東站主要線路:滬昆鐵路、宣杭鐵路、肖勇鐵路、滬昆高鐵、寧杭高鐵、杭甬高鐵、杭黃高鐵。杭州南站主要線路:滬昆鐵路、蕭甬鐵路、杭甬高鐵、滬昆高鐵、杭黃高鐵等。