1、公司的知識產權保護有商標權、專利權、著作權、商業秘密、域名等。公司在與其他單位或個人合作的過程中，壹定要對所涉及的知識產權的權屬、使用範圍、期限、後續研發成果的分配等做詳細規定，簽署相關法律文件，以此來保護應有的知識產權。
2、法律依據：《中華人民***和國專利法》 第十條
中國單位或者個人向外國人、外國企業或者外國其他組織轉讓專利申請權或者專利權的，應當依照有關法律、行政法規的規定辦理手續。轉讓專利申請權或者專利權的，當事人應當訂立書面合同，並向國務院專利行政部門登記，由國務院專利行政部門予以公告。專利申請權或者專利權的轉讓自登記之日起生效。
二、知識產權保護申請的條件有哪些
知識產權保護申請的條件如下：
1、商標註冊申請人的範圍必須是符合相關法律的要求；
2、必須是依法成立的企業或者事業單位等；
3、申請註冊的商標必須有明顯的標致或特征不得模糊不清難以辨別。