南沙法院現設有14個內設機構：政工辦公室、監察室（紀檢組與其合署辦公）、辦公室、調研科、刑事審判庭、少年審判庭、民事審判第壹庭、民事審判第二庭、民事審判第三庭、知識產權審判庭、執行局（下設執行壹庭、執行二庭）、行政審判庭、審判監督庭、立案庭；1個行政直屬單位：司法警察大隊；4個派出法庭：南沙人民法庭、萬頃沙人民法庭、大崗人民法庭、東湧人民法庭；1個事業單位：機關服務中心。