2.經濟結構和產業結構差異較大:內蒙古以農牧業和重工業為主，粵港澳大灣區以輕工業、服務業和外貿為主。這種經濟和產業結構的差異，使得兩地難以形成優勢互補，增加了合作的難度。
3.人才交流不足:由於地理位置和經濟發展的差距，內蒙古和粵港澳大灣區之間的人才交流相對較少，不利於深入合作。
4.政策協調不足:內蒙古和粵港澳大灣區的行政隸屬關系不同，涉及的利益相關者和政策難以協調。在稅收、金融、產業扶持等方面存在壹些政策差異，給兩地合作帶來了壹些麻煩。