博士生招生改革成為北大研究生招生改革的第壹塊實驗田。從2003年開始，北大逐步擴大復試在研究生招生中的權重比例，淡化筆試，比如光華管理學院的權重比例分別是初試30%、申請資料考核30%、復試40%。同時，博士生招生不再剛性地劃定錄取分數線。
據介紹，2005年4月，北大開始了2006招生年度的博導選聘工作。歷史系等4個院系，將博導的範圍擴大到全系教師，同時以教師申請制和學生報選制為基礎的“不定資格制”取代過去的“固定資格制”，實行博士生導師的學生報選制，即只要有博士生選妳做導師，妳就是博導。許智宏說，“北大在今後幾年的實踐中將進壹步明確應用型學位以培養碩士研究生為主，學術型學位以培養博士研究生為主。”